Орден Пирогова учрежден для награждения граждан Российской Федерации за особые заслуги в здравоохранении. Награждение, как правило, производится при условии наличия у представленного к ордену, иной государственной награды РФ. Орденом также могут быть награждены иностранные граждане за оказание медицинской помощи в сложных клинических случаях, лечение особо опасных заболеваний, активное участие в научной деятельности российских медицинских организаций и иные заслуги. Награждение может быть произведено посмертно.

Орден Пирогова вручается: за самоотверженность при оказании медицинской помощи в условиях чрезвычайных ситуаций, эпидемий, военных действий и в других обстоятельствах, сопряжённых с риском для жизни; за заслуги в области практической медицинской деятельности и высокоэффективную организацию работы по диагностике, профилактике и лечению особо опасных заболеваний; за вклад в укрепление общественного здоровья, предупреждение возникновения и развития инфекционных и неинфекционных заболеваний; за особые заслуги в области медицинских наук, разработку и внедрение инновационных методов профилактики, диагностики и лечения заболеваний, медицинской реабилитации.

Также, награду могут вручить за заслуги, связанные с разработкой лекарственных средств, проведением их доклинических исследований, новых лекарственных препаратов; за особые личные заслуги в подготовке квалифицированных кадров для медицинских организаций России; за заслуги, связанные с организацией оказания скорой медицинской помощи, предоставлением услуг, а также с осуществлением стационарного ухода за пациентами; за особые личные заслуги в осуществлении благотворительной и иной общественно полезной деятельности по поддержке хосписов, больниц и госпиталей, иных медицинских организаций; за большие заслуги в развитии добровольческой деятельности, сохранении и приумножении традиций милосердия, безвозмездную и бескорыстную помощь людям, реализацию социально значимых проектов и программ, популяризацию здорового образа жизни.

Знак ордена Пирогова носится на левой стороне груди и при наличии других орденов РФ располагается после знака ордена «За морские заслуги». Для особых случаев и возможного повседневного ношения предусматривается ношение миниатюрной копии знака ордена Пирогова, которая располагается после миниатюрной копии знака ордена «За морские заслуги». При ношении на форменной одежде ленты ордена Пирогова на планке она располагается после ленты ордена «За морские заслуги».

Знак ордена Пирогова изготовлен из серебра. Он представляет собой четырёхконечный прямой крест, покрытый красной эмалью. По краям креста проходит узкий выпуклый рант золотистого цвета. На крест наложен круглый серебряный медальон с выпуклым бортиком, покрытый белой эмалью, на расстоянии 2 мм от внешнего бортика внутренний выпуклый бортик, между бортиками по окружности медальона фианиты. В поле медальона погрудный портрет Н.И. Пирогова вполоборота вправо. Над портретом нанесена надпись золотистого цвета рельефными буквами: «НИКОЛАЙ ПИРОГОВ».

Крест наложен на круглую платформу, покрытую белой эмалью. Между лучами креста пирамиды. На верхнюю часть креста наложен оливковый венок, внутри которого Гиппократова обвитая змеей чаша золотистого цвета. На оборотной стороне знака рельефными прямыми буквами написан девиз ордена: «МИЛОСЕРДИЕ, ДОЛГ, САМООТВЕРЖЕННОСТЬ». Под девизом - номер ордена.

Знак ордена при помощи ушка и кольца соединяется с пятиугольной колодкой, обтянутой шёлковой, муаровой лентой белого цвета с тремя продольными полосками красного цвета посередине ленты. Ширина ленты 24 мм, ширина полоски по центру 3 мм, ширина полосок слева и справа от неё по 2 мм, расстояние между полосками 1 мм. Миниатюрная копия знака ордена Пирогова носится на колодке. Расстояние между концами креста 15,4 мм, высота колодки от вершины нижнего угла до середины верхней стороны 19,2 мм, длина верхней стороны 10 мм, длина каждой из боковых сторон 10 мм, длина каждой из сторон, образующих нижний угол 10 мм.

При ношении на форменной одежде ленты ордена Пирогова используется планка высотой 8 мм, ширина ленты 24 мм. На ленте ордена Пирогова в виде розетки крепится миниатюрное изображение знака ордена из металла с эмалью. Расстояние между концами креста 13 мм. Диаметр розетки 15 мм.

19 июня 2020 года Президент России Владимир Путин своим Указом учредил орден Пирогова для награждения граждан Российской Федерации, а также иностранных граждан за особые заслуги в здравоохранении и в целях дальнейшего совершенствования государственной наградной системы РФ. Указом также утверждены Статут, описание и рисунок Ордена Пирогова.