Началом долгой истории создания и становления большого комплекса учебных заведений имени Гнесиных является 15 февраля 1895 года - именно в этот день первая ученица пришла в «Музыкальное училище Е. и М. Гнесиных», - одно из маленьких частных музыкальных учебных заведений, открывавшихся в тот период в Москве. С той поры этот день отмечается как традиционный праздник гнесинцев.

Как и другие частные школы, эта школа была основана выпускницами Московской консерватории: две ее руководительницы - сестры Евгения и Елена Гнесины были ученицами директора консерватории и педагога-пианиста Василия Сафонова. Принципы обучения, сформированные в тот период в консерватории, легли в основу работы училища.

Популярность школы и ее авторитет быстро росли. Пять сестер Гнесиных, бывших энтузиастами своего дела, посвятивших всю жизнь музыкальной педагогике, всю жизнь прожили в том же доме, где размещалось их детище, и атмосфера гостеприимного дома неизменно привлекала и учеников, и коллег.

Учившиеся в самый блистательный период истории консерватории, жившие в окружении деятелей искусства Серебряного века, они неизменно стремились к тому высшему профессиональному уровню их учителей - самых выдающихся музыкантов своей эпохи.

Крупнейшие музыканты с большим вниманием относились к работе училища Гнесиных, оказывая им большую поддержку, а некоторые - Р. М. Глиэр, А. Т. Гречанинов, Е. А. Бекман-Щербина - и стали педагогами молодого учебного заведения. Уже в дореволюционный период школа Гнесиных завоевала самую высокую репутацию и выделилась целым рядом важных начинаний, самым знаменитым из которых стало создание первого в Москве детского школьного хора.

Елена Фабиановна Гнесина, будучи основателем и бессменным главой учебных заведений, благодаря своей непреклонной воле, неиссякаемой энергии и самоотверженности, сумела сохранить и постоянно расширять масштабы учебных заведений на самых крутых поворотах истории. В 1919 году школа стала государственной.

Всего за годы существования вуз окончили более 12 тысяч специалистов. Выпускники института быстро завоевали ведущие позиции в музыкальных организациях по всей стране, а затем и за рубежом. Многие стали руководителями знаменитых коллективов, ведущими солистами главных оперных театров.

Целый ряд известных ныне хоров, оркестров, ансамблей вышло из студенческих коллективов института-академии - это Московский камерный хор под управлением Владимира Минина, фольклорный ансамбль под руководством Дмитрия Покровского, камерный оркестр «Российская камерата», капелла мальчиков под управлением Судакова и другие.

В последние годы академия все больше развивает международные контакты: постоянны выезды профессоров с мастер-классами и лекциями, многие студенты приезжают для полного курса обучения или стажировки из разных стран.