Должность председателя Совнаркома СССР Иосиф Сталин занял 6 мая 1941 года, сместив Вячеслава Молотова. Таким образом, в руках Сталина сосредоточилась партийная и исполнительная государственные власти в сложной международной обстановке накануне вторжения Германии в Советский Союз.

Место Алексея Рыкова на посту председателя СНК СССР занял Вячеслав Молотов, который в этой должности находился наиболее длительный срок и совмещал пост главы правительства с другими должностями: председателя Совета Труда и Обороны, Комитета обороны, Экономического Совета при СНК СССР, а с 1939 года - наркома иностранных дел СССР.

Молотов был освобожден от должности председателя Совнаркома СССР, заняв пост заместителя главы правительства 6 мая 1941 года. Официальной причиной отставки Молотова были его многочисленные просьбы, мотивированные трудностью исполнять обязанности главы правительства наряду с исполнением обязанностей наркома иностранных дел.

По мнению некоторых историков, реальными причинами отстранения Молотова от руководства правительством были личная неприязнь Сталина и решение последнего самому занять должность председателя Совнаркома СССР, чтобы сосредоточить в своих руках партийную и исполнительную государственную власти в чрезвычайно напряженной международной обстановке.

Во время Великой отечественной войны, в период с 30 июня 1941 года по 4 сентября 1945 года, вся полнота власти в СССР принадлежала Государственному комитету обороны СССР под руководством Сталина, который в этот период совмещал должность председателя ГКО СССР с должностями председателя Совнаркома СССР и наркома обороны. На время войны деятельность народных комиссариатов СССР была подчинена ГКО СССР, который не имел своего аппарата и полагался на административные ресурсы наркоматов.

По указу Государственного комитета обороны 15 октября 1941 года Совнарком СССР, вместе с другими органами государственной власти и управления, был эвакуирован в Куйбышев, однако Сталин, будучи председателем ГКО СССР и Ставки Главнокомандования, остался в Москве.

В 1946 году в связи с преобразованием Совета Народных Комиссаров СССР в Совет Министров СССР, наименование должности главы правительства СССР было изменено на «Председатель Совета Министров СССР».