Митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл 27 января 2009 года Поместным Собором РПЦ был избран 16-м Патриархом Московским и всея Руси, набрав 508 голосов из 677, то есть 75%. Двумя днями ранее архиерейским Собором РПЦ в Москве, прошедшим под его председательством, митрополит Кирилл был избран одним из трех кандидатов на Московский патриарший престол: получив 97 голосов из 197 действительных бюллетеней для голосования.
Президент России Дмитрий Медведев в телефонном разговоре поздравил митрополита Кирилла с избранием, в частности, выразив надежду на дальнейшее развитие диалога между РПЦ и государством. Председатель Правительства России Владимир Путин также поздравил митрополита Кирилла с избранием его Патриархом Московским и всея Руси.
Свои поздравления телеграммой 28 января направил Избранному Патриарху Папа Бенедикт XVI. Поздравления и благопожелания новому предстоятелю РПЦ направили и многие другие религиозные и политические лидеры мира.
Интронизация митрополита Кирилла во время литургии в Храме Христа Спасителя состоялась 1 февраля 2009 года. В совершении интронизации участвовал Патриарх Александрийский Феодор II, обратившийся к Кириллу с приветственным словом на русском языке, а также предстоятели некоторых иных автокефальных церквей: архиепископ Албанский Анастасий, митрополиты всея Польши Савва и Чешских земель и Словакии Христофор.
На богослужении присутствовали Дмитрий Медведев, поздравивший Патриарха Кирилла, с супругой, Владимир Путин, президент Молдавии Владимир Воронин, а также Наина Ельцина. Первым человеком, которого причастил Патриарх Кирилл, была Светлана Медведева.