Указом Президиума Верховного Совета от 4 июля 1946 года город Кенигсберг переименован в Калининград в честь умершего государственного и партийного деятеля Михаила Калинина. По этому случаю прошли митинги трудящихся, а сам город был разделен на административные районы: Сталинградский и Ленинградский, Московский, Балтийский.

По решению Потсдамской конференции, северная часть немецкой провинции Восточная Пруссия вместе со своей столицей Кенигсбергом была передана сначала временно, а затем навсегда Советскому Союзу. СССР принял решение выселить немцев из Кенигсберга, а вместо них переселить в город советских граждан. Обязательным встал и вопрос его переименования.

Старинный прусский город Кенигсберг был основан крестоносцами Тевтонского ордена в 1255 году. До 1946 года он являлся центром провинции Восточная Пруссия и находился в составе Германии. История этого города примечательна именно тем, что на его территории в 1919 году был открыт первый в Германии аэропорт, но самый решающий поворот судьбы преподнесла Кенигсбергу Вторая мировая война, которая разрушила его почти на 90%. Первые разрушения в этом городе начались после прихода нацистов к власти, тогда они уничтожили синагогу XIX века.

В августе 1944 года от британских бомбардировщиков сильно пострадал центр города, где не было никаких военных объектов, но находилось множество мирных жителей. Многие из них погибли, начался пожар, который уничтожил старый город, огромное количество памятников старины и частично замок.

Жителей города ожидало новое потрясение - 6 апреля 1944 года начался штурм Кенигсберга советскими войсками, а 9 апреля над башней нынешнего Музея янтаря было поднято красное знамя, которое стало знамением конца немецкой истории этого города.

Осталось 20 000 из 370 000 немецких жителей, живших в городе до Великой Отечественной войны. Хотя сразу после войны началась работа по адаптации немцев к новой жизни - выходила газета «Новое время» на немецком языке, организованы школы, где преподавание велось на немецком, - было принято решение о депортации немецкого населения из Калининградской области в Германию, куда почти все они были отправлены к 1947 году.

Только некоторые специалисты помогали восстанавливать работу предприятий города и области вплоть до 1948 и даже до 1949 годов, но им не была предоставлена возможность получить советское гражданство, а впоследствии и они были депортированы в Германию, так же как принудительно выселены и с других территорий, потерянных Германией по итогам Второй мировой войны. Вместо них в город были переселены советские граждане.

После войны город стал заселяться быстрыми темпами, восстанавливалось производство. Но город имел полузакрытый статус в связи со стратегическим положением и обилием войск. Для иностранцев же город был закрыт полностью и, за исключением редких визитов дружбы из соседней Польши, иностранцами практически не посещался.

Властями не уделялось никакого внимания наследию немецкой культуры. Старый город не восстанавливался, а руины замка были снесены в конце 1960-х годов, несмотря на протесты архитекторов, историков, краеведов и просто жителей города.

Изменения 1990-х годов, связанные с распадом СССР, положили начало новому этапу развития Калининградской области. В октябре 1996 года были проведены выборы мэра города, а потом и губернатора Калининградской области, начался подъем общественной жизни. С 1991 года город открыт для международного сотрудничества с зарубежными странами, в первую очередь с Германией и Польшей, в сфере бизнеса, культуры и образования.

Неоднократно поднимался вопрос о возвращении городу названия Кенигсберг. В 2009 году за возврат городу исторического имени выступил глава администрации Калининграда Феликс Лапин. В сентябре 2011 года губернатор Калининградской области Николай Цуканов высказался, что вопрос переименования может быть решен референдумом, но сам он является сторонником нынешнего названия города.

До 2010 года Калининград имел статус исторического поселения, однако приказом Министерства культуры России от 29 июля 2010 года № 418/339 город был этого статуса лишен, как и сотни других городов.

Калининград был признан лучшим городом России в 2012, 2013 и 2014 годах согласно рейтингу журнала «Коммерсантъ Секрет Фирмы», самый красивый город страны по версии «РБК». Лучший город России для бизнеса согласно рейтингу журнала Forbes. В 2018 году Калининград стал одним из городов-хозяев чемпионата мира по футболу.