Императорская корона только что созданной Латинской империи была сначала предложена Энрико Дандоло, дожу Венеции, но тот отказался. Далее решили выбирать между Балдуином и номинальным лидером крестового похода, Бонифацием Монферратским. В пользу Балдуина сыграли его молодость, галантность, благочестие и добродетель, а также популярность среди крестоносцев. При венецианской поддержке он был коронован в Константинополе 16 мая 1204 года в соборе Святой Софии при участии византийского духовенства.

Во время коронации Балдуин был одет в богато украшенные одежды, купленные еще императором Мануилом I Комниным за 62 000 серебряных марок. Жена Балдуина Мария, не зная об этих событиях, отплыла в Акру. Там она узнала о коронации мужа, но умерла в августе 1204 года, так и не встретившись с ним.

Латинская империя была организована по феодальным принципам. Император стал сюзереном князей, которые получили от него участки завоеванной территории. Его собственный домен состоял из Константинополя, соседних регионов как на европейском, так и на азиатском берегах, а также нескольких островов, включая Лемнос, Лесбос, Хиос и Тенос.

Многие территории еще предстояло завоевать: в первую очередь, необходимо было сломить сопротивление греков во Фракии и закрепиться в Фессалониках. В этом предприятии летом 1204 года Балдуин вступил в конфликт с Бонифацием Монферратским, который получил большую территорию Македонии с титулом короля Солунского.

Бонифаций надеялся образовать самостоятельное королевство и выступил против предложения Балдуина совместно выступить против Фессалоник. Конкуренция между фламандцами и лангобардами усугубил ссору. Балдуин настаивал на своих правах на Фессалоники, Бонифаций осадил Адрианополь, где Балдуин посадил своего губернатора. Гражданская война казалась неизбежной.

Соглашение было достигнуто лишь благодаря усилиям Дандоло и Людовика I, графа Блуа. Бонифаций получил Фессалоники как феодальный лен от императора и был назначен командиром сил, которые должны были пойти на завоевание Греции. Следующей зимой франки начали завоевание Вифинии, в котором принял участие Генрих, брат Балдуина.