Во второй половине 17 века, во время царствования Федора Алексеевича, недовольство стрельцов все больше назревало - казна была пуста, жалование стрельцам выплачивалось нерегулярно, старшие командиры стрелецкого войска часто злоупотребляли своим положением. Результатом стал стрелецкий бунт вспыхнувший 25 мая 1682 года.

В мае 1682 года царь Федор Алексеевич умер, не оставив прямого наследника. На престол претендовали два его брата - Иван и Петр. Достигла кульминации борьба между двумя боярскими родами - Милославских и Нарышкиных.

От того, кто станет царем, зависело - какой из этих кланов займет положение ближних бояр - советников царя при важнейших государственных решениях, распределяющих высшие должности в государстве и распоряжающихся царской казной. Боярская дума и патриарх склонились в пользу Петра, и в апреле 1682 года он был провозглашен царем.

Умная и энергичная царевна Софья решила воспользоваться недовольством Милославских, чтобы изменить ситуацию в свою пользу. Милославские стали сеять смуту среди стрельцов, распространяя слухи, что теперь, под властью Нарышкиных, их ждут еще большие притеснения и лишения. Стрельцы начали волноваться, участились случаи неповиновения начальству.

Стрельцы бросились с оружием в Кремль и захватили его 25 мая 1682 года. Члены царской семьи оказались заложниками мятежников. Нарышкин был предан пытке и казнен. Государственная власть была уничтожена: царем номинально оставался малолетний Петр, царица Наталья Кирилловна - регентшей, но никакого дееспособного правительства у них не было: все их родственники и сторонники были либо перебиты, либо бежали из Москвы, спасаясь от стрельцов. Это положение длилось с 1682 по 1689 год.

Стрельцы оказались господами положения, диктовавшими свою волю правительству - предъявляли требования об увеличении льгот и регулярной уплате жалования. Ставший во главе восстания начальник Стрелецкого приказа князь Хованский хотел вернуть утраченное влияние боярской аристократии.

Однако правительству Софьи, опиравшемуся на поддержку дворянства, в условиях перехода к регулярной армии, стрельцы как категория служилых людей оказались не нужны. И, в результате решительных действий, князь Хованский и его сын Андрей в сентябре 1682 года были схвачены и казнены. Стрельцы постепенно утратили не только былые права, но и средства к существованию.

Смута не сразу улеглась. Ее новая вспышка вынудила Ивана, Петра и Наталью Кирилловну бежать временно в Троице-Сергиеву Лавру, оттуда они смогли вернуться только в октябре 1682 года. Патриарх Иоаким был посредником, увещевателем «расходившихся» стрельцов. По его ходатайству бунтовщики были прощены. В 1682 году царский двор из бегства вернулся в Москву.