Родоначальником Московской медицинской академии имени Сеченова был медицинский факультет Императорского университета, открытого по предложению Михаила Ломоносова и графа Ивана Шувалова в период правления императрицы Елизаветы Петровны. Занятия на медицинском факультете начались 13 ноября 1758 года.

Здесь читали курсы первые русские профессора Семен Зыбелин и Петр Вениаминов, впоследствии к ним присоединились Федор Политковский и Иван Сибирский. Расширение факультета продолжилось в первой половине 19 века. Устав университета 1804 года уже предусматривал наличие шести самостоятельных кафедр и трех институтов: Клинического, Повивального и Хирургического.

Сегодня Академия - крупнейший учебно-научный комплекс по подготовке, аттестации и повышению квалификации медицинских и фармацевтических кадров. Академия возглавляет учебно-методическое объединение медицинских и фармацевтических вузов России.

В состав Московской медицинской академии имени Сеченова входят Клинический центр, в котором объединены 17 разнопрофильных клиник на 3 000 мест с центральной клинико-диагностической лабораторией и 11 лабораториями, отделом лучевой диагностики с семью подразделениями - 16 межклинических лечебно-диагностических служб, которые способны ежегодно обеспечить лечение 44 тысяч больных стационарно и свыше 280 тысяч амбулаторно, поликлиника для студентов и сотрудников, Центральная научная медицинская библиотека, музей истории медицины.

В составе Академии научный центр с 61 лабораторией, пятью научно-исследовательскими институтами: НИИ молекулярной медицины, НИИ фтизиопульмонологии, НИИ фармации, НИИ общественного здоровья и управления здравоохранением, Институт медицинской паразитологии и тропической медицины имени Марциновского.

В Академии обучаются почти 9 000 студентов из России и зарубежных стран. В декабре 2008 года Банк России выпустил в обращение памятную серебряную монету номиналом 3 рубля, посвященную 250-летию Московской медицинской академии имени Сеченова.