Лаборатория Касперского была основана 26 июня 1997 года Евгением Касперским, с долей 50 %, его одноклассником по физико-математическому интернату МГУ Алексеем Де-Мондериком - 20 %, создателем антивирусного проекта Anti-Ape Вадимом Богдановым - 20 % и женой Натальей - 10 %, по настоянию которой фамилия «Касперский» была превращена в бренд.

Созданием, развитием и техподдержкой продукта занимались мужчины, Наталья Касперская стала гендиректором, сосредоточившись на продажах, кадрах и освоении новых рынков. Со времени основания продажи «Лаборатории» стали ежегодно удваиваться. В 2001 году оборот компании составил около 7 000 000 долларов, в 2006 году - уже свыше 67 000 000.

За эти годы Kaspersky Lab. превратилась в одну из крупнейших антивирусных корпораций с сетью региональных офисов по всему миру. В августе 2007 года Евгений Касперский занял должность гендиректора, отстранив бывшую к тому времени супругу от основных управленческих функций, в июле 2011 года Наталья ушла и с поста председателя совета директоров.

За 2007-2011 годы «Лаборатория» выкупила долю экс-супруги Касперского, по состоянию на 2007 год та составляла около 30 %. Значимой частью этой доли при разделе бизнеса стала ставшая независимой дочерняя компания InfoWatch, специализирующаяся на защите корпоративных данных. На момент смены руководства выручка «Лаборатории Касперского» составляла 126 миллионов долларов. Ее капитализация в 2011 году оценивалась в сумму более 1,3 миллиарда, а годовая выручка - в 700 миллионов.