Нефтяная компания «ЮКОС» создана 15 апреля 1993 в соответствии с Постановлением Правительства Российской Федерации № 354, подписанного Виктором Черномырдиным. ЮКОС являлась одной из крупнейших компаний России по объемам реализации. В период с 1995 по 2005 год неизменно входила в число десяти крупнейших компаний России.

Создание «ЮКОСа» было предопределено Указом Президента России № 1403 от 17 ноября 1992 года, где «в целях повышения эффективности работы нефтяного комплекса Российской Федерации, обеспечения надежного снабжения потребителей нефтью и нефтепродуктами» предусматривалось создание и акционирование нескольких нефтяных компаний - «ЮКОС», «Лукойл», «Сургутнефтегаз», и были прописаны включаемые в них активы.

Правительству России поручалось подготовить учредительные документы и назначить руководство для компании. Аббревиатура ЮКОС образована сокращением названий основных производственных площадок, первоначально вошедших в состав компании: ПО «Юганскнефтегаза», «ПО «КуйбышевнефтеОргСинтез».

Первоначально в уставный капитал ЮКОСа были внесены контрольные пакеты нефтедобывающего предприятия «Юганскнефтегаз», расположенного в Западной Сибири, и нефтеперерабатывающих заводов в составе «Куйбышевнефтеоргсинтеза» и «Новокуйбышевского НПЗ» в Самарской области, а также восьми сбытовых предприятий в Центральной России.

Председателем Совета директоров и президентом компании был назначен Сергей Муравленко. В 2001 году Михаил Ходорковский называл Муравленко в числе реальных совладельцев компании «ЮКОС». В 2002 году «ЮКОС» назвала Муравленко в числе бенефициаров Group MENATEP Ltd, которому принадлежит 61 % акций «ЮКОСа».

Государственный комитет России по управлению государственным имуществом 13 ноября 1995 года утвердил план приватизации ОАО «НК ЮКОС»: 45 % акций компании закреплялись в федеральной собственности на три года, 33 % - подлежали реализации на инвестиционном конкурсе, 7 % - передавались для последующего размещения на рынке ценных бумаг, 7,96 % - подлежали продаже на специализированных денежных аукционах, 7,04 % - подлежали продаже работникам компании.

В декабре 1995 года в результате залоговых аукционов компания перешла из-под контроля государства под контроль группы «Менатеп» Михаила Ходорковского. При этом ранее в банке «Менатеп» правительство разместило 120 миллионов долларов, которыми затем банк кредитовал государство. При приобретении «Менатепом» нефтяной компании «Юкос» ее оценили в 350 миллионов долларов, хотя через 8 месяцев ее рыночная капитализация составляла около 6,2 миллиардов долларов.

Государственный 33,3%-й пакет акций «ЮКОСа» 23 декабря 1996 года был выставлен на конкурс по стартовой цене 160 миллионов долларов с инвестиционным условием - в течение 1996-1998 годов победитель конкурса обязывался инвестировать 200 миллионов. Победителем конкурса стало ЗАО «Монблан», входящее в группу «Менатеп». Цена, предложенная «Монбланом» за пакет акций, равнялась 160,1 миллионам долларов, что превысило стартовую цену лишь на 100 тысяч.

Собрание акционеров «ЮКОСа» 19 февраля 1997 года проголосовало за слияние с группой «Роспром». В начале 2000-х годов «ЮКОС» активно выступал против проводившейся в то время в России реформы налогообложения нефтяной отрасли, заключавшейся в отмене плохо администрируемых налогов - платы за пользование недрами, налога на воспроизводство минерально-сырьевой базы и акцизов на сырую нефть, а также во введении налога на добычу полезных ископаемых и в фиксации экспортных пошлины на нефть как постоянно действующего налогового института.

В начале 2003 года начался процесс слияния «ЮКОСа» и «Сибнефти», не завершенный из-за начавшегося «дела ЮКОСа».