Император Александр Первый 14 апреля 1801 года в Сенате объявил о ликвидации Тайной экспедиции и передаче следствия по политическим делам в учреждения, ведавшие уголовным судопроизводством, а также запретил пытки при допросах. С этого момента данные дела должны были рассматриваться местными судебными учреждениями «на тех же самых правилах, каковые и во всех уголовных преступлениях наблюдаются».

Для лиц «простого звания» эти судебные решения утверждали губернаторы, а судьбу дворян окончательно решал Сенат. Сыск был развит во времена многих русских правителей. При Петре I для данных дел был создан Преображенский приказ, в ведении которого находились все политические дела, ему подчинялись все учреждения, каким-либо образом связанные с политическим сыском.

При Анне Иоанновне для этих целей была учреждена Канцелярия тайных розыскных дел, чья деятельность строилась на доносах и которая подчинялась императрице лично. Причем страдали от такой деятельности не только обычные люди, но и представители дворянства.

Непопулярность Канцелярии в русском обществе была настолько велика, что Петр III ликвидировал ее в 1762 году, но это было ненадолго. Уже Екатерина II, взойдя на престол в результате дворцового переворота, подтвердила указ о ликвидации Тайной канцелярии, но другим актом тут же утвердила Тайную экспедицию при Сенате.

Именно при Екатерине II эта «спецслужба» достигла своего расцвета, став центральным государственным учреждением России, органом политического надзора и сыска. Императрица лично руководила особо важными расследованиями, по которым приговоры утверждала сама, в том числе по делам Е. Пугачева, Н. Новикова, А. Радищева и других. Следствие происходило часто с применением жестоких телесных наказаний.

Основное место в деятельности Тайной экспедиции, по традиции, занимали доносы и пытки. Причем главным доказательством вины считалось собственное признание подозреваемого, которого добивались всеми возможными способами. Экспедиция была максимально закрытым органом, что наводило страх на жителей империи. Завершилась история этого органа с приходом на престол Александра I.