Таджикские массовые протесты и беспорядки начались 12 февраля 1990 года в Душанбе. Предпосылками к гражданской войне в Таджикистане послужил ряд причин: сложившееся к тому времени тяжелое экономическое положение, клановое мировоззрение таджиков и высокая степень их религиозности. Во время перестройки в Таджикской ССР стало возникать исламско-демократическое движение. Костяк оппозиции составили Партия исламского возрождения, Демократическая партия Таджикистана и ряд других движений.

Противостояние между бывшей коммунистической элитой и национально-демократическими и исламскими силами перешло из политической сферы в этническо-клановую. В советское время доминирующую роль в политической жизни играли выходцы из Ленинабадской области, занимавшие высшие административные посты, с которыми активно сотрудничали выходцы из Куляба - «кулябцы», занимавшие высшие посты в силовых структурах.

После провозглашения независимости Таджикистана другие клановые группы - «бадахшанцы», «гиссарцы» и «гармцы» попытались изменить распределение ролей в управлении страной. Фактически прелюдией к будущей войне стали массовые беспорядки в Душанбе начавшиеся 12 февраля 1990 года, с требованием отставки Первого Секретаря ЦК Компартии Таджикской ССР Кахара Махкамова, который в ноябре того же года был избран первым президентом Таджикистана.

Данные беспорядки были организованы Набиевым Рахмоном, который после исключения из партии в 1985 году, решил предпринять попытку вернуться к власти таким образом, то есть через организацию беспорядков и погромов, затем обвинив в этом власть в лице Махкамова. После провала ГКЧП оппозиция организовала многочисленные митинги с требованиями отставки поддержавшего ГКЧП Махкамова, роспуска коммунистической партии и отмены закона о запрещении Исламской партии возрождения.

В Душанбе 13 февраля прекратили работу городской, междугородный и железнодорожный транспорт, институты и школы, детские сады, почти все магазины и предприятия, банки, телефонная связь и почта, перестали выходить газеты.

Мирные жители столицы, при полном отсутствии помощи со стороны властей и правоохранительных органов, спасая себя и свои семьи, создавали отряды самообороны. Это был поразительный опыт самоорганизации мирного гражданского населения - отряды охраняли от погромщиков входы в подъезды, подходы в свой микрорайон.

Для наведения порядка в город пришлось перебросить около 5 000 военнослужащих Минобороны и МВД с приказом открывать огонь на поражение, был введен комендантский час. В результате беспорядков было убито 25 человек и 565 ранено.

Спустя некоторое время Махкамов подал в отставку с поста президента республики. Президентские выборы в Таджикской ССР прошли 24 ноября 1991 года, победу на которых одержал «ленинабадец» Рахмон Набиев, набравший 56,92% голосов. Его главный соперник Давлат Худоназаров, который поддерживался Демократической партией Таджикистана, Партией исламского возрождения, Национально-демократическим движением «Растохез» и мусульманским духовенством, набрал 30% голосов.

Оппозиция обвинила власти в фальсификации выборов. В первые несколько месяцев после выборов в стране поддерживалось хрупкое равновесие сил - ведущим представителям оппозиции была гарантирована неприкосновенность в обмен на поддержание политических методов.