Проектирование Краснодарского водохранилища начато 22 июля 1967 года. Были разработаны мероприятия по переселению населения, переносу на новые места и сносу строений и сооружений в связи со строительством водохранилища. При создании водохранилища были затоплены плодородные земли с двадцатью аулами и хуторами, население которых было переселено во вновь построенные город Теучежск и поселок Тлюстенхабль.

Целью создания этого водохранилища была организация чекового рисоводства и борьба с сезонными паводками в низовьях Кубани. Организованное первоначально по водохранилищу судоходство в настоящее время прекращено, из-за обмеления, вызванного речными наносами. В водохранилище непосредственно впадают левые притоки Кубани с востока на запад - Белая, Пшиш, Марта, Апчас, Шундук, Псекупс.

История создания Краснодарского водохранилища неразрывно связана с историей рисосеяния на Кубани. Впервые вопрос о его строительстве был поставлен в 1954 году, когда было принято постановление Совета Министров СССР от 20 апреля 1954 года № 742 «О доведении площади рисовых систем в Краснодарском крае до 100 тысяч гектар со строительством Краснодарского водохранилища емкостью около 2 миллиардов кубических метров».

Акватория водохранилища расположена на левобережной стороне Кубани, на землях Адыгеи , а также землях Белореченского, Усть-Лабинского, Динского районов Краснодарского края и города Краснодар. На территорию Адыгеи приходится 80% от площади водохранилища.

По мнению специалистов и хозяйственных руководителей, из всех поставленных целей строительства Краснодарского водохранилища удалось достичь следующих: сбор и аккумуляция воды, многолетнее и внутригодовое регулирование и распределение стока, предотвращение разрушений паводками и половодьем, улучшение условий судоходства.

Ряд исследователей к основным положительным последствиям относят создание отечественной базы рисосеяния. Рис стали выращивать и в Адыгее, в хозяйствах Теучежского, Красногвардейского, Шовгеновского и Кошехабльского районов. Однако, как считают многие специалисты, предусмотреть в полной мере негативные последствия интенсивной мелиорации в то время не удалось, в результате нарушилась экологическая структура почв, произошло засоление, переувлажнение и подтопление земель.

С этими проблемами не удается справиться и до настоящего времени. К отрицательным последствиям строительства и эксплуатации водохранилища относят также: затопление сельскохозяйственных земель и населенных пунктов, большое испарение воды с поверхности, деформацию берегов, изменение микроклимата прилегающей местности, уменьшение амплитуды колебаний температуры воздуха в прибрежной полосе.

В период подачи воды на рисовые чеки от подтопления страдали многие населенные пункты Теучежского и Красногвардейского районов. В результате из сельскохозяйственного оборота выпали тысячи «гектаропахотных» земель.