Центр специального назначения Федеральной службы безопасности, был создан 8 октября 1998 года по инициативе Владимира Путина, занимавшего тогда должность директора ФСБ. Решение было продиктовано фактически развернувшейся против России террористической войной.

Как итог - в единое мощное подразделение были объединены легендарные группы «Альфа» и «Вымпел», ставшие Управлениями «А» и «В» ЦСН ФСБ, а также служба специальных операций. В 2008 году в структуре Центра были также созданы подразделения на Северном Кавказе, а в 2014 году - в Крыму.

Основная задача ЦСН ФСБ России - борьба с международным терроризмом на территории Российской Федерации и за ее пределами, включающая в себя деятельность по выявлению, предупреждению, пресечению, раскрытию и расследованию террористических актов посредством проведения оперативно-боевых и иных мероприятий.

По данным на начало 2014 года, за пятнадцать лет своего существования сотрудники ЦСН ФСБ России самостоятельно или во взаимодействии с различными подразделениями провели множество оперативно-боевых мероприятий, в ходе которых изъято значительное количество оружия, боеприпасов, взрывчатых веществ, освобождены сотни захваченных боевиками заложников, обезврежены активные члены бандформирований, среди которых такие одиозные главари, как Салман Радуев, Арби Бараев, Аслан Масхадов, Раппани Халилов, Анзор Астемиров, эмиссары международной террористической организации «Аль-Каида» на Северном Кавказе Абу Умар, Абу Хафс, Сейф Ислам и другие.

За годы деятельности ЦСН ФСБ России его сотрудникам более двух тысяч раз вручались государственные награды, двадцать военнослужащих удостоены почетного звания «Герой Российской Федерации», одиннадцать из которых - посмертно.