С целью поддержания оркестрового исполнительства и развития его лучших традиций в мировых масштабах 24 января 2003 года по поручению Президента России Владимира Путина, Министерством культуры России был издан приказ о создании Национального филармонического оркестра России.

Художественным руководителем оркестра был назначен Владимир Спиваков - дирижер и скрипач, известный во всем мире. В состав были собраны лучшие оркестровые музыканты Москвы и Санкт-Петербурга.

Оркестр дебютировал на концерте, посвященном памяти Евгения Светланова 26 сентября 2003 года в Московском Доме музыки. Несмотря на короткий срок существования, на счету НФОР выступления с Джесси Норман, Пласидо Доминго, Дмитрием Хворостовским, Марией Гулегиной и многими другими представителями мировой музыкальной элиты.

Помимо Владимира Спивакова с коллективом выступают такие дирижёры как Томас Зандерлинг, Теодор Курентзис, Владимир Симкин и Алексей Степанов. Критика выделяет мастерство ведущих солистов оркестра - концертмейстера Еремея Цукермана, первой виолончели Юрия Лоевского, трубача Кирилла Солдатова, литавриста Валерия Поливанова, флейтиста Сергея Бубнова и других.

Репертуар оркестра формируется как из произведений золотого фонда классической музыки, так и несправедливо забытых, а также специально написанных для оркестра сочинений. Оркестр гастролировал в различных городах России, принимал участие в европейских фестивалях в Кольмаре и Сен-Рикье. В Большом зале Московской консерватории 12 сентября 2004 года НФОР дал концерт, посвящённый 60-летию своего художественного руководителя.

В 2007 году Национальному филармоническому оркестру России был выделен грант Правительства Российской Федерации. Записи выступлений оркестра выпущены на нескольких компакт-дисках.