В 1990-1991 годах была создана Служба охраны Президента СССР, возглавляемая генерал-лейтенантом Юрием Сергеевичем Плехановым. Ведомство становится правопреемником 9-го Управления КГБ СССР, ответственного за охрану руководителей Коммунистической партии и Правительства СССР. В 1991 году органы государственной охраны были объединены в рамках Главного управления охраны Российской Федерации.

В рамках реформирования системы обеспечения безопасности государства, 24 декабря 1991 года Президент РСФСР издал Указ № 313 «О создании Федерального агентства правительственной связи при Президенте РСФСР». Деятельность ведомства была сосредоточена на обеспечении информационной безопасности в системе государственного управления в стране.

В состав новой специальной службы вошли органы Комитета правительственной связи при Президенте РСФСР, включавшего структуры бывшего 8-го Главного управления КГБ СССР, ответственного за защиту технических средств связи и создание шифров, Государственный информационно-вычислительный центр при Государственной комиссии по чрезвычайным ситуациям, а также бывшее 16-е управление КГБ СССР - Главное управление радиоэлектронной разведки средств связи.

Генеральным директором Федерального агентства правительственной связи и информации был назначен генерал-лейтенант Александр Владимирович Старовойтов. Должность первого заместителя генерального директора ФАПСИ - начальника управления по работе с личным составом занял Владимир Викторович Макаров. Заместителем генерального директора ФАПСИ стал генерал-майор Анатолий Иванович Куранов.

Окончательно правовой статус и назначение ФАПСИ были определены Законом № 4524-1 от 19 февраля 1993 года «О федеральных органах правительственной связи и информации». В стратегическом плане приоритетными направлениями деятельности службы стали: обеспечение функционирования, развития и информационной безопасности технологической основы системы управления государством в мирное и военное время; противодействие, в пределах компетенции ФАПСИ, угрозам безопасности России в информационной сфере.