Указом Президента России Борисом Ельциным 25 февраля 1992 года «О структуре управления космической деятельностью в Российской Федерации» образовано Российское космическое агентство при Правительстве России, являющееся органом государственного управления, реализующим государственную политику России в космосе. Агентство стало правопреемником Министерства машиностроения в части реализации договоров и научного задела по космосу.

Тем же приказом была определена предельная численность организации в размере 220 человек, количество заместителей директора и число членов коллегии. Агентству было выделено здание министерства на Миусской площади, с необходимым оборудованием и имуществом.

Российское космическое агентство при Правительстве РФ было реорганизовано в Российское космическое агентство 30 сентября 1992 года. Генеральным директором Российского космического агентства 26 октября 1992 года назначен Юрий Коптев, который занимал ее до 22 июня 2004 года.

В 1994 году был основан «Центр эксплуатации объектов наземной космической инфраструктуры». В 1996 году было основано предприятие Космотранс, обслуживающее железнодорожную инфраструктуру космодрома «Байконур».

Отсутствие денежных средств и ориентация на сближение с западом привели к затоплению советской космической станции «Мир», а также к тому, что проект станции «Мир-2» так и не был реализован, а лег в основу МКС, чей первый блок «Заря» был изготовлен Россией на деньги США и запущен 20 ноября 1998 года.

Российское авиационно-космическое агентство было образовано указом Президента Российской Федерации от 25 мая 1999 года путем преобразования из Российского космического агентства. В связи с недостатками финансирования основной упор в таких проектах как «Клипер» делался на сотрудничество с другими космическими агентствами.

Острый дефицит финансирования требовал изыскать другие возможности для поддержания отрасли, одной из них стала организация космического туризма на коммерческой основе. Благодаря этому в 2001 году в возрасте 61 года в космос был отправлен первый «космический турист» Деннис Тито. К 2016 году, благодаря российским кораблям серии «Союз», в космосе побывали 7 туристов. Проработавшая в три раза дольше установленного срока станция «Мир» 23 марта 2001 года была затоплена в специальном районе в южной части Тихого океана.