Высшим Святейшим Синодом 24 февраля 1901 года Лев Толстой отлучен от православной церкви. Определение подписали Митрополит Антоний и шестеро других высших иерархов. В официальном органе Святейшего правительствующего синода - журнале «Церковные ведомости» в этот же день было опубликовано Определение с посланием Святейшего синода об отпадении графа Льва Толстого от Церкви. На следующий день оно было опубликовано во всех основных газетах России.

Определение Синода гласило: «Святейший Синод в своем попечении о чадах православной церкви, об охранении их от губительного соблазна и о спасении заблуждающихся, имев суждение о графе Льве Толстом и его противохристианском и противоцерковном лжеучении, признал благовременным, в предупреждение нарушения мира церковного, обнародовать, чрез напечатание в Церковных ведомостях, нижеследующее свое послание». 

В последние два десятилетия жизни Толстой, будучи верующим человеком, крещенным в православии, в ряде произведений, особенно в романе «Воскресение» ясно показал, что не принимает ряд важнейших догматов православной Церкви. Он также распространял брошюры с описанием своего собственного понимания христианства, далекого от православного.

Толстой отвергал учение о Троичности Бога, непогрешимый авторитет Вселенских соборов, церковные таинства, непорочное зачатие, действительность воскресения Иисуса Христа и его божественность. При этом он резко критиковал Церковь за то, что она, по его мнению, свои интересы ставит выше, чем изначальные христианские идеалы.

В романе «Воскресение» духовенство было изображено механически и наскоро исполняющим обряды, а в образе холодного и циничного Топорова некоторые стали узнавать Константина Победоносцева, обер-прокурора Святейшего синода. Хотя цензура не допускала подобные взгляды в открытую печать, они продолжали распространяться и стали широко известны.

Ряд церковных иерархов еще с конца 1880-х годов обращались к Синоду и к императору Александру III с призывом наказать Льва Толстого и отлучить его от Церкви, однако император отвечал, что «не желает прибавлять к славе Толстого мученического венца». После смерти Александра III аналогичные призывы стал получать Николай II. Резко осуждал взгляды и проповедь графа святитель Феофан Затворник.

Издатель и редактор церковного журнала «Миссионерское обозрение» Василий Скворцов возбудил вопрос о «толстовщине» на 3-м всероссийском миссионерском съезде в 1897 году в Казани. Скворцов писал: «По исследовании еретических мудрований графа Толстого, разбросанных во многих его религиозных трактатах, съезд специалистов миссионерства уже тогда признал толстовское религиозное движение оформившеюся религиозно-социальной сектой, крайне вредной не только в церковном, но и в политическом отношении».

Когда зимой 1899 года граф серьезно заболел, Святейший синод издал секретный циркуляр, в котором признавалось, что тот решительно отпал от общения с Церковью и, по церковным канонам, не может быть в случае смерти погребен по православному обряду, если пред смертью не восстановит общения с ней чрез таинства исповеди и евхаристии.