В Санкт-Петербурге Петр I основал 13 февраля 1720 года Главный Магистрат - центральное государственное коллегиальное учреждение Российской Империи, с целью усиления централизации управления делами посадского, городского населения на правах коллегии. Прообраз современной администрации города. Первым обер-президентом Петербурга стал князь Юрий Трубецкой.

Согласно указу, новый орган был призван «ведать всех купецких людей судом и о их делах доносить в Сенат, и рассыпанную сию храмину паки собрать». Его возникновение было связано с ростом торговли и промышленности, с возросшей ролью купечества в экономике страны.

Главный магистрат подчинялся непосредственно царю и Сенату, имел ряд смежных функций с Мануфактур-коллегией и Коммерц-коллегией. Возглавлял его обер-президент из дворян, которого назначал царь. Под его началом находилось магистратское правление, которое состояло из бургомистров и ратсгеров из числа крупнейших купцов. Главный магистрат был главным начальственным учреждением над городскими магистратами других русских городов.

Через год, в январе 1721 года, был утвержден «Регламент, или Устав Главного магистрата», определивший его состав и функции. По Регламенту все горожане делились на «регулярных граждан», которые входили в гильдии и цехи, и «подлых» - тех, кто работал по найму и на «черных работах». В ведении магистрата находились торговые, ремесленные и другие права горожан - их переход из города в город, возврат выбывших из посадов и устройство ярмарок.

Руководство Главного магистрата над городовыми, учрежденными на местах, заключалось в координации работы всех магистратов, приеме жалоб на их постановления и апелляции на их судебные решения. Также он осуществлял контроль за распределением финансов в городах, ведал распределением и сбором податей, налогов и повинностей. С 1722 года косвенные сборы были оставлены в ведении городских магистратов.

Довольно быстро Городские магистраты - эти сословные органы местного управления торгово-промышленным населением - стали главными органами бюрократического аппарата петровской империи, поскольку опирались, хотя и в ограниченной степени, на сословное представительство на местах. Руководство городских магистратов - включавшее президента, 4 бургомистров, 2 ратманов - выбиралось из числа наиболее состоятельных горожан.

В Санкт-Петербурге Главный магистрат выполнял функции и городского магистрата. В царствование Петра I он был главным органом городского управления, сосредоточившим в своих руках контроль за основными областями жизни российской столицы, - контролировал организации гильдий, цехов, содействовал развитию ремесел, торговли, мануфактур, городского хозяйства, осуществлял функции суда для торгово-промышленного населения.

Главный магистрат был упразднен в 1727 году указом Верховного тайного совета и временно заменен Ратушей, вновь создан в мае 1743 года как Контора Главного магистрата, но переведен в Москву. По предписанию Сената Главный магистрат стал подчиняться губернским властям и полиции. С 1775 года он стал почти исключительно судебным учреждением, рассматривал уголовные и гражданские дела лиц из купеческого и мещанского сословий. Екатерина II окончательно ликвидировала Главный магистрат в 1782 году.