В Казанском Соборе Ленинграда, 15 ноября 1932 года был открыт Государственный музей истории религии и атеизма. Музей поражал разнообразием фондов, образованных по конфессиональному принципу, в его коллекциях собраны экспонаты по истории религий от древнейших времен до наших дней, в экспозиции представлена эволюция религий от ранних форм до современности.

Казанский Собор является одним из крупнейших культовых сооружений в Санкт-Петербурге. Построенный на месте обветшалой Рождество-Богородичной церкви, уже на следующий год после окончания Отечественной войны 1812 года храм стал своеобразным памятником победы. Здесь же был похоронен фельдмаршал Михаил Кутузов.

С приходом к власти большевиков, гонения на церковь, происходившие при советской власти повсеместно, коснулись и Казанского собора. В январе 1932 года собор был закрыт, с купола собора сняли крест и на его место установили позолоченный шар со шпилем.

Музей поражал разнообразием фондов, образованных по конфессиональному принципу, в его коллекциях собраны экспонаты по истории религий от древнейших времен до наших дней, в экспозиции представлена эволюция религий от самых ранних форм до современности.

В 1998 году Казанский собор был освящен вновь, а в 2001 году музей переехал в здание на Почтамтской улице и обрел новую жизнь, но сохранил свой уникальный и неповторимый характер. Аналогов Петербургскому музею истории религии в мире нет.

Государственный музей истории религии является общероссийским научно-методическим центром Министерства культуры Российской Федерации по оказанию научно-методической помощи в области истории религии и религиоведения для музеев России, хранящих и изучающих коллекции культовых предметов.

Одним из приоритетных направлений деятельности музея как научно-методического центра являются ежегодные музейные стажировки, дающие возможность перенять опыт музея в научно-методической, экспозиционно-выставочной, фондовой и просветительной деятельности.

Благодаря многовековому сближению различных этнических групп в Петербурге сложился особый духовный климат, характерными чертами которого было уважительное отношение друг к другу, бережное отношение к своему городу, единство и многообразие культур. А в Казанском Соборе возобновлены богослужения.

В феврале 2011 года в музее был открыт специальный детский отдел постоянной экспозиции «Начало начал». Это комплексное интерактивное экспозиционное пространство, ориентированное на детскую аудиторию и дополняющее постоянную экспозицию.

Отдел сконструирован как тотальная инсталляция - особое магическое пространство, погружающее маленького посетителя в эпоху мифологического сознания. «Начало начал» демонстрирует важный и неотъемлемый компонент религиозных представлений - представления о возникновении мира и его устройстве.