Пепси-колу придумал американский фармацевт Калеб Брэдхем из Нью-Берна. В состав газировки, которую он назвал «Напиток Брэда», входили пепсин и экстракт орехов колы. Он также приписывал газировке целебные свойства и уверял, что пепсин способствует пищеварению. Привычное название «Пепси-Кола» получила 3 мая 1902 года.

Из-за роста цен на сахар в результате Первой мировой войны в 1923 году компания PepsiCo обанкротилась. Ее активы были проданы неизвестному миллионеру. Крах компании в 1923 году лишил секретности формулу напитка. Для оформления банкротства Калебу Дэвису Брэдему, создателю напитка и руководителю компании, пришлось не только представить в федеральный суд рецепт сиропа, но и подтвердить истинность этой информации под присягой.

Через восемь лет компания обанкротилась еще раз. Однако во время депрессии 1930-х годов в США PepsiCo организовала успешную атаку на рыночные позиции «Кока-колы». «Пепси-кола» начала продаваться в бутылках по 12 унций по цене 5 центов. Бутылка «Кока-Колы» объемом 6 унций также стоила 5 центов. «Кока-кола» не могла снизить стоимость, так как торговые автоматы принимали монеты по 5 центов, к тому же у «Кока-колы» оставался запас в 1 миллиард 6-унциевых бутылок. В 1939 году «Пепси-кола» стала чрезвычайно популярной среди детей.

Во время Второй мировой войны «Пепси-кола» обошла и Royal Crown и Dr. Pepper, став газированным напитком № 2 после «Кока-Колы». В начале 1950-х годов «Кока-кола» в 5 раз опережала «Пепси-колу».

В 1961 году впервые прошла рекламная кампания под девизом: «Пепси - для тех, кто чувствует себя молодым». К 1964 году идея обрела классический вид: «Вы - поколение Пепси». В 1964 году «Пепси» выпустила диетическую газировку с сахарозаменителями. В 1965 году появилась компания «PepsiCo», которая занимается производством напитка и поныне.

В 2008 году PepsiCo провела глобальный ребрендинг своей продукции и презентовала новый логотип напитка, который выполнен в виде смайла. Идея заключалась в том, что каждый вариант напитка имел бы свою улыбку, например: Pepsi MAX - широкая улыбка, Pepsi - классический вариант - среднюю, Pepsi Light - легкая улыбка. Позже от этой идеи отказались и все варианты напитка начали выпускать с логотипом классического варианта.

Советские граждане впервые смогли попробовать напиток в 1959 году на выставке «Промышленная продукция США» в московском парке Сокольники. В ходе выставки вице-президент США Ричард Никсон по просьбе президента компании PepsiCo International Дональда Кендалла угостил «пепси» советского лидера Никиту Хрущева. Всего на выставке было выпито более 3 миллионов стаканчиков напитка.

Однако производство «Пепси» в СССР стартовало только во время разрядки конфликтных отношений между Западом и СССР. Начало было положено в 1971 году на встрече Дональда Кендалла с Председателем Совета Министров СССР Алексеем Косыгиным, когда были проведены переговоры о возможном экономическом сотрудничестве.