Дальневосточный фронт был вновь сформирован 1 июля 1940 года, что указывало на реальный риск начала войны СССР с Японией. Однако обострение ситуации на западных границах заставило Советский Союз искать компромисс в отношениях с Японией. Последняя, в свою очередь, выбирая между вариантами агрессии против СССР и против США и Великобритании, все более склонялась к последнему варианту и стремилась обезопасить себя со стороны советского государства.

Управление фронта возникло на базе управления фронтовой (Читинской) группы войск с подчинением ему 1-й и 2-й Отдельных Краснознамённых армий, 15-й армии, а также Северной армейской группы. В оперативном подчинении находились Тихоокеанский флот и Краснознамённая Амурская флотилия. Штаб-квартира фронта — Хабаровск.

В июне 1941 года в состав фронта были также включены вновь сформированные 25-я и 35-я армии. В августе 1942 года на основе ВВС общевойсковых армий были сформированы 9-я,10-я и 11-я(в декабре 1944 преобразована в 18-й авиационный корпус) воздушные армии. В июле 1943 года в составе фронта на базе Особого стрелкового корпуса (Сахалин) была сформирована 16-я армия.