История поликлиники начинается с 1933 года, когда в городе Краснодаре на улице Пролетарской, 11а открылась амбулатория Краснодарского врачебного участка Доно-Кубанского водного здравотдела. В купленном у частного лица доме были развернуты лечебные кабинеты, где обслуживались только речники и их семьи. 

На ул. Мира 23, с 1956 года в одном здании было организовано больнично-поликлиническое объединение «Краснодарская линейная больница водников»: велся прием больных в поликлинике, здесь же был открыт стационар на 25 коек. Штат увеличивался. Поликлиника разместилась в пос. Гидростроителей в 1973 году, а стационар на 50 коек остался на ул. Мира, 23. Велся прием не только водников, гидростроителей, мелиораторов и членов их семей, но и прикрепленного населения пос. Гидростроителей. 

В январе 2012 года поликлиника перешла в муниципальную бюджетную собственность и стала называться МБУЗ Городская поликлиника № 27. Сегодня поликлиника расположена в типовом 3-х этажном здании, рассчитанном на 500 посещений в смену. Включает в себя взрослую, детскую поликлинику и женскую консультацию. С 11,04.2011 г. педиатрическое отделение поликлиники располагается по адресу: г. Краснодар, ул. Трудовой Славы, 19/2.