Комиссия является координационным органом, обеспечивающим сотрудничество Правительства Российской Федерации, федеральных органов исполнительной власти, иных органов и организаций, а также ученых и специалистов с Организацией Объединенных Наций по вопросам образования, науки и культуры ЮНЕСКО. Основными задачами Комиссии, в частности, являются: Содействие участию федеральных органов исполнительной власти, иных органов и организаций, а также ученых и специалистов, пользующихся признанным авторитетом в сфере деятельности ЮНЕСКО, в мероприятиях и программах, проводимых по линии ЮНЕСКО; Обеспечение в пределах своей компетенции выполнения международно-правовых обязательств, вытекающих из членства РФ в ЮНЕСКО; Участие в подборе кандидатов для работы в представительстве и секретариате ЮНЕСКО, а также для работы по проектам ЮНЕСКО в различных государствах.
21 октября 2019 года в Париже на 207-й сессии Исполнительного совета ЮНЕСКО было принято решение об учреждении международной премии ЮНЕСКО-России имени Менделеева за достижения в области фундаментальных наук. Исполнительный совет ЮНЕСКО принял решение аккламацией, без голосования, поддержав учреждение премии аплодисментами.