Детская инфекционная больница была открыта в 1937 году в городе Краснодаре по улице Ярмарочной ныне улица В. Головатого. По решению исполкома горсовета в 1972 году было начато строительство нового здания детской инфекционной больницы по ул. Красных Партизан 6/5. Введенно в эксплуатацию в 1976 году, где и находится по настоящее время.

Детская инфекционная больница до 2005 года была муниципальным учреждением здравоохранения города Краснодара, а с 25 мая 2005 года больница передана в государственную собственность с функцией специализированного клинического детского инфекционного учреждения. Больница располагается на 4 га земли, в зеленой зоне, где произрастает свыше 500 деревьев хвойных и лиственных пород, среди которых имеются редкие и ценные виды. Рядом с лечебным корпусом оборудована детская игровая площадка.

Главная цель - осуществление госпитализации всех обратившихся за медицинской помощью при наличии показаний. Оснащено компьютерной техникой и имеет локальную связь со всеми структурными подразделениями больницы.