В Краснодаре санитарным отделом 9-й Красной Армии в 1920 году был образован Дом санитарного просвещения, основная задача которого состояла в обеспечении массового санитарного просвещения населения с целью предупреждения распространения инфекционных заболеваний, особенно малярии, холеры, брюшного тифа, трахомы. В послевоенные годы осуществлялось санитарное просвещение населения по всем инфекционным и неинфекционным заболеваниям.

На базе Дома санитарного просвещения обеспечивалось преподавание санитарного минимума для работников декретированных профессий. Был переименован в Центр медицинской профилактики путем присоединения к нему Краснодарского краевого врачебно-физкультурного диспансера в 2002 году.

Основные направления деятельности Центра медицинской профилактики Краснодара: спортивная медицина и лечебная физкультура; реабилитация спортсменов; проведение углубленного медицинского осмотра в спортивных школах городов и районов Краснодарского края; функциональная диагностика; проведение клинических лабораторных исследований; проведение обследований врачей-специалистов различного профиля; психологическая помощь тренерам и спортсменам; профилактика неинфекционных заболеваний среди населения; организационно-методическая помощь лечебным учреждениям Краснодарского края.