Флаг островного региона был утвержден 25 апреля 1997 года Законом Сахалинской области № 34 «О флаге Сахалинской области – субъекта Российской Федерации», который подписал губернатор Игорь Павлович Фархутдинов.
Памятная дата была установлена спустя несколько лет - согласно Закону Сахалинской области от 17 июня 2008 года № 52-ЗО дата 26 апреля стала официальным региональным праздником.
В 2011 году губернатор Сахалинской области Александр Вадимович Хорошавин подписал новый Закон «О флаге Сахалинской области», так как предыдущий был признан
утратившим силу. Изображение флага осталось прежним: прямоугольное полотнище цвета морской волны, в центральной его части - контурные изображения Сахалина и Курильских островов, которые образуют единую Сахалинскую область.
История символа Сахалинской области начинается в 1995 году. Тогда среди местного населения был объявлен конкурс губернатора, нацеленный на разработку проектов флага и герба, отражающих исторические и географические особенности региона.
Спустя три этапа, которые занимали до полутора месяцев, победил проект первого вице-губернатора Сахалинской области Виталия Евгеньевича Гомилевского: полотнище цвета морской волны с контурным изображением Сахалина и Курильских островов в центральной части стяга.