Страна долгое время была колониальной страной. В 1838 году она обрела независимость от Соединенных Провинций Центральной Америки - федеративное государство, объединявшее Гондурас, Гватемалу, Никарагуа, Сальвадор и Коста-Рику, и существовавшее до 1840 года.

До 1866 года страна продолжала использовать флаг федеративного объединения 1823 года в качестве государственной символики. Он состоял из 3 полос: голубой верх и низ, а середина – белая. В центре находился герб. Таким флаг был до 1839 года, за исключением того, что в 1824 году герб был видоизменен. Затем полосы голубого оттенка стали синими, а герб исчез.

Национальный флаг Гондураса появился по инициативе временного президента страны Хосе Марии Медины. Он поднял вопрос правильности национальных символов. А именно - обнародовал Законодательный указ № 7, также называемый Указом о создании флага. В результате 16 февраля 1866 года было решено сохранить палитру исторического флага - сине-бело-голубое полотнище, и поместить на него новый символ нации - звезды. В 1898 году цвет звезд поменяли с голубого на золотой, но в 1949 году вернули обратно.

Флаг Гондураса представляет собой полотнище, стороны которого соотносятся друг к другу в пропорции 2:1. Поле символа разделено на три равные полосы: верх и низ голубого цвета, а середина белая. Середину белой полосы занимают 5 голубых звезд: одна в центре и по две с каждой. Официально оттенок голубого указан как «бирюзовый», но до 2022 года на практике обычно использовался темно-синий.

Цветные полосы символизируют Карибское море и Тихий океан, а белая - землю между ними. Эти оттенки ассоциируются с чистотой, миром, единством и процветанием. Количество звезд - 5, связано с числом провинций, составлявших когда-то Федеративное государство. Это выражение надежды на возможность возрождения объединения и добрососедских отношений. К слову, флаг Военно-морского флота Гондураса украшает герб государства, под которым полукругом расположены 5 звезд.

Раньше День флага отмечали 14 июня, но 23 мая 1995 года президент республики Карлос Роберто Рейн выпустил указ, которым перенес праздник на первый день сентября. Дата была приурочена к появлению первого лидера Гондураса на озере Йохоа. Так День флага стал отмечается в тот же месяц, что и День независимости - 15 сентября, как бы предваряя его.