Родился 16 марта 1887 года в селе Карачарово Московского уезда Московской губернии в семье крестьянина.
Образование получил в духовном училище, а затем с 1910 по 1918 год служил в армии в должности писаря в звании старшего унтер-офицера.
В 1926 году был рукоположен во диакона к Успенскому храму в селе Косине Ухтомского района Московской области (ныне в черте Москвы).
27 ноября 1937 года был арестован по обвинению в «контрреволюционной деятельности» и заключен в Таганскую тюрьму в Москве. 30 ноября отцу Иоанну было зачитано постановление о привлечении его к ответственности за контрреволюционную деятельность, но, ознакомившись с ним, отец Иоанн отказался его подписать, так как был совершенно с ним не согласен.
– Следствие имеет материалы, которые говорят, что вы враждебно настроены к советской власти. Подтверждаете вы это? – спросил следователь.
– Нет, этого я не подтверждаю, – ответил диакон Иоанн.
– На основании имеющегося следственного материала, свидетельскими показаниями вы изобличаетесь как контрреволюционер. Дайте по этому вопросу отчет.
– Я контрреволюционером не был и контрреволюционной работы не вел.
– Вы следствию хотите рассказать о вашей контрреволюционной деятельности?
– Об этом мне совершенно не о чем говорить, так как я никакой контрреволюционной деятельности не вел.
– А что вы можете рассказать о контрреволюционной деятельности ваших сослуживцев?
– Ничего не могу сказать, так как этого не замечал.
7 декабря 1937 года особая тройка при УНКВД приговорила отца Иоанна к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере, и он был отправлен на Дальний Восток.
Скончался 18 августа 1939 года от тягот заключения в исправительно-трудовом лагере в Амурской области и был погребен в безвестной общей могиле.
25 марта 2004 года определением Священного Синода Русской Православной Церкви причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания.