18 августа 1919 года парламентом Азербайджанской Демократической Республики (АДР) был подписан указ «Об охране государственной границы Азербайджанской Республики» и «Закон о создании пограничной таможенной охраны в Азербайджанской Республике».
В первой статье Закона говорилось: «Создать 99 пограничных постов в составе 992 пограничников на протяжении всей границы Азербайджана, согласно дополнительным пунктам дислокации с целью охраны границ Азербайджанской республики от незаконной торговли и борьбы с контрабандой».
В 2000 году президент Азербайджана Гейдар Алиев объявил 18 августа Днем профессионального праздника пограничников. Следующим Указом Президента от 31 июля 2002 года были заложены основы Государственной пограничной службы Азербайджана. Фундаментом Погранслужбы являлось Управление погранвойсками — государственная структура, отделённая от Министерства национальной безопасности Азербайджанской Республики.
В апреле 2012 года был запущен официальный сайт Государственной пограничной службы Азербайджанской Республики. Сайт содержит информацию об истории учреждения и самой структуры (охрана азербайджанских границ до 1918 года, во времена существования Азербайджанской Демократической Республики и Азербайджанской ССР, защита границ после обретения независимости Азербайджана), руководстве Госпогранслужбы, объявления и пр.