История таможенного дела в стране началась с Указа "Об образовании Государственной таможенной инспекции Республики Кыргызстан", который был подписан Президентом Аскаром Акаевым 31 декабря 1991 года.
Спустя 15 лет был учрежден профессиональный праздник, приуроченный ко дню образования службы, с целью формирования и обеспечения преемственности традиции таможенной службы. Официальный статус был закреплен постановлением Правительства Республики Кыргызстан "98 от 15 февраля 2006 года.
Спектр задач таможенной службы широк. Они составляют таможенную политику страны, устанавливают порядок и условия перемещения через таможенную границу товаров и транспортных средств, обеспечивают процессы взимания таможенных платежей и таможенного оформления, осуществляют таможенный контроль и другую деятельность, продиктованную политикой.