Впервые праздник был отмечен в 2001 году, после регистрации некоммерческой организации «Программа Дня Дарвина». Хотя День Чарльза Дарвина уже давно отмечается в университетах, идея сделать его международным праздником начала активно развиваться в 90-х годах XX века.

Английский путешественник и натуралист Чарльз Дарвин, автор фундаментального труда «Происхождение видов», который заложил основы эволюционного учения, родился 12 февраля 1809 года. После его смерти в 1882 году начали стихийно организовываться мероприятия в его честь.

В 1909 году, в честь столетия со дня рождения Дарвина, празднования проходили в Кембридже и Нью-Йоркской академии наук. Эти мероприятия также отмечали полувековой юбилей публикации «Происхождения видов». В течение XX века День Дарвина стал традицией во многих учебных заведениях Америки и Европы.

В конце 1990-х годов Аманда Чесворт и Роберт Стивенс предложили сделать День Дарвина международным событием. Они основали некоммерческую организацию и создали веб-сайт для продвижения этой инициативы, где публикуется информация о мероприятиях, проходящих в разных странах в этот день.

К этому празднику могут быть приурочены различные события: общественные церемонии с официальными речами, образовательные симпозиумы, торжественные обеды и вечеринки, выставки, обсуждения книг, приемы и другие мероприятия. Организаторами выступают академические общества, научные организации, библиотеки, музеи, галереи, религиозные общины, преподаватели, студенты и просто любители науки.