Впервые праздник отметили в 2001 году. Ему предшествовала регистрация некоммерческой организации «Программа Дня Дарвина». День Чарльза Дарвина отмечается в университетах достаточно давно, однако идею сделать этот день международным праздником начали активно продвигать в 90-х годах XX века.

Английский путешественник и натуралист Чарльз Дарвин, автор основополагающего в сфере эволюционного учения труда «Происхождение видов», родился 12 февраля 1809 года. После его смерти в 1882 году спонтанно организовывались мероприятия, посвященные ученому.

В 1909 году день рождения Дарвина отмечали в Кембридже и Нью-Йоркской академии наук. Мероприятия были посвящены столетию со дня рождения ученого и пятидесятилетию со дня публикации «Происхождения видов». В XX веке День Дарвина отмечали во многих учебных заведениях Америки и Европы.

В конце 1990-х годов Аманда Чесворт и Роберт Стивенс выступили с идеей отмечать День Дарвина на международном уровне. Они создали некоммерческую организацию и веб сайт с целью продвижения своей идеи. На сайте можно найти информацию о мероприятиях, проводимых в этот день в разных странах.

К этому дню могут быть приурочены общественные церемонии с официальными речами, образовательные симпозиумы, торжественные обеды и вечеринки, выставки, обсуждения книг, приемы и другие мероприятия. В роли организаторов выступают академические общества, научные организации, библиотеки, музеи, галереи, религиозные конгрегации, отдельные преподаватели, студенты и просто любители науки.