Ранее на этом месте находились только захоронения умерших в госпиталях в 1943-1944 годах. В последствии там были перезахоронены жители Анапы, погибшие в годы оккупации, которые первоначально покоились за речкой Анапкой, на старом аэродроме, в районе Чембурки, на улице Калинина, 3, в районе Лысой горы.

Первый мемориал был сооружен в 1947 году, современный - в 1975. В настоящее время братская могила находится на старом городском кладбище, в начале улицы Протапова на верхней набережной. В состав мемориального комплекса входят: «Братская могила советских воинов и мирных жителей города Анапы, замученных фашистскими оккупантами, 1942-1943 годы» и «Братская могила советских воинов, 1943 год», в которых общее число захороненных составляет более 200 человек. 

В центре общей композиции находится прямоугольная стела, которая облицована мраморной плиткой. Ее верхняя часть скошена к фасаду, а надпись в центре гласит: «Жертвам фашизма  1941-1945». Вокруг стелы находятся мраморные плит, с высеченными именами захороненных и могила неизвестного солдата. Авторы: Гореликов Виктор Климентьевич, Камаев Борис Иванович.

В 1996 году, 22 июня, мемориальный комплекс был дополнен памятным знаком «От детей войны», выполненный скульптором В.П. Поляковым. В 2010 году к 65-летию Победы были установлены плиты с именами вновь выявленных захороненных солдат из госпиталей и имена анапчан, пропавших без вести на фронтах войны.