В 1888 году, после посещения Екатеринодара, Александр III с семьей отправился в Новороссийск, в пути царский поезд потерпел крушение. Чудом в этой аварии никто не пострадал. В честь избавления от гибели августейшего семейства в Екатеринодаре были возведены два храма - Свято-Екатерининский кафедральный собор и Свято-Троицкий собор. 

Строительство Свято-Троицкого собора было инициировано общественностью. Государю отправили телеграмму, где сообщили о решении построить храм в честь спасения его семейства, в ответ была получена Высочайшая благодарность. Вскоре появилось место под строительство собора - вдова Е. Щербинина предложила участок и пожертвовала крупную сумму денег на строительство, попросив взамен небольшое пособие и домик, чтобы в нём дожить свой век.

Проект храма вместимостью в тысячу человек был разработан архитектором И. Мальгербом, закладка собора состоялась в 1898 году. Строили его достаточно долго, освящён собор был в июне 1910 года. В 1934 году он закрылся властями и открывался только во время оккупации в 1942 году.

По окончании войны собор вновь закрыли, имущество конфисковали, а само здание использовали в различных целях - здесь размещались и склады, и засолочная база, и скульптурный цех. Лишь в 1989 году верующим удалось возвратить собор церкви, была проведена реставрация, обновлена роспись стен, с 1990 года здесь вновь ведутся богослужения.

Собор, выстроенный в стиле русской архитектуры XVII века, поражает своей величественной красотой и внутренним убранством, стены выполнены из красного кирпича, венчает храм множество куполов, выкрашенных в зеленый цвет. Всё это убранство ежедневно радует прихожан.

Открыт в июне 1910 года.
Архитектор: И. К. Мальгерб.