В Юбилейном микрорайоне Краснодара, в конце лета 1991 года православный приход был официально зарегистрирован, а также был утвержден устав, в котором описывались основные положения деятельности объединения. В январе 1992 года подводили итоги конкурса на лучший проект храма. Его было выбрано строить на берегу реки Кубань. Храм строился по проекту двух краснодарских архитекторов Субботиных.

Освещение и закладка первого камня, совершенная Екатеринодарским и Кубанским митрополитом состоялись 10 мая 1992 года. В сентябре того же года были распилены два железнодорожных вагона и установлены на территории храма. Именно эти сооружения стали помещением для первого на Кубани православного общеобразовательного учреждения.

В 1994 году в Рождественском храме прошла первая церковная служба. Первый купол с крестом над колокольней был воздвигнут в конце осени 1997 года, а центральный - в начале лета 1998 года. Строительство было завершено только в ноябре 1999 года, а освящено спустя два месяца - 2 января 2000 года. Первая литургия состоялась в праздник Рождества Христа Спасителя в ночь с 6 на 7 января 2000 года.

Храм был построен по инициативе жителей Юбилейного микрорайона. На деньги прихожан не только велось строительство, но и был изготовлен седьмой колокол весом 450 килограммов. На нем аккуратно высечены имена тех, кто содействовал этому созданию. Храм Рождества Христова находится в Западном округе, рядом с Рождественским парком и набережной реки Кубань.

На территории храма Рождества Христова пробурена скважина. На месте выхода артезианской воды была построена надкладезная часовня в честь иконы Божией Матери «Живоносный источник» и открыт освященный бювет.

При храме с благословения митрополита Екатеринодарского и Кубанского Исидора создана первая на Кубани Русская Православная школа и открыты воскресная школа для детей, благотворительное учреждение «Богадельня имени святой Елисаветы», открыт детский дом для детей-сирот и инвалидов «Рождественский» - один из самых благоустроенных в стране.