Сергей Афанасьев родился 2 июня 1958 года в селе Новочаново, Новосибирская область. Окончил Кемеровский государственный институт культуры и Московское театральное училище имени Щукина.
В 1979-1980 годах - директор клуба мебельной фабрики № 3; с 1980 года по 1982 год - служба в рядах Советской армии; с 1982 года по 1985 год - режиссер народного театра Дома культуры имени Ефремова; с 1985 года по 1987 год - художественный руководитель Дома культуры железнодорожников.
В 1987 году он создал свой профессиональный театр-студию, в него вошли выпускники Новосибирского театрального училища.
Поставил более 60 спектаклей в Новосибирске, других городах России и Франции. Лауреат Всероссийского конкурса имени В.П.Редлих.
В 2004 году назначен ректором Новосибирского государственного театрального института. С 2011 года - президент НГТИ.
Имеет опыт работы в кино. В 1992 году снял фильм «Стерва», а в 2009 - «Идиотка».