Николай Афанасов родился 21 декабря 1972 года в станице Ессентукская, Ставропольский край. Окончил Московскую коммерческую академию. Позднее, получил дополнительное образование, успешно завершив полный курс обучения в Ставропольском государственном университете и Северо-Кавказском государственном техническом университете по специальностям «менеджер», «юрист» и «экономист» соответственно.
Трудовую деятельность начал в 1995 году, с работы в системе налоговых органов, которой впоследствии посвятил более двадцати лет.
Николай Николаевич, 4 марта 2014 года стал заместителем руководителя управления Федеральной налоговой службы по Ставропольскому краю.
Далее, 28 марта 2018 года Афанасов Николай Николаевич назначен на должность заместителя председателя Правительства Ставропольского края. В сферу полномочий нового вице-премьера будут входить вопросы государственной политики в области анализа, прогнозирования и стратегического планирования экономического развития региона.
Губернатор Владимир Владимиров 28 октября 2019 года провел кадровые перестановки в Правительстве региона. Николай Афанасов сохранил свою должность и остался на посту заместителя председателя Правительства Ставропольского края.
Женат. Воспитывает троих детей.