Виктор Афзалов родился 9 июня 1968 года. В 1989 году стал выпускником Пушкинского высшего военного училища радиоэлектроники противовоздушной обороны.
В 2000 году окончил Военный университет противовоздушной обороны, а в 2010 году - Военную академию Генерального штаба Вооруженных сил Российской Федерации.
Служил на разных должностях: прошел путь от начальника расчета отделения боевого управления группы зенитных ракетных дивизионов корпуса ПВО до начальника штаба — первого заместителя командующего армией ВВС и ПВО.
В июле 2017 года был назначен командующим армией Военно-воздушных сил (ВВС) и противовоздушной обороны (ПВО) Восточного военного округа.
В августе 2018 года получил назначение на должность начальника главного штаба — первого заместителя главкома ВКС Вооруженных сил РФ.
В 2020 году временно исполнял обязанности начальника главного штаба Воздушно-космических сил (ВКС) России, когда действующий глава Сергей Суровикин был назначен командиром Объединенной группировкой войск в зоне специальной военной операции.
В 2022 году Указом президента РФ ему было присвоено звание генерал-полковника.
23 августа 2023 года появилась информация о том, что генерал-полковник Виктор Афзалов был назначен временно исполняющим обязанности главнокомандующего Воздушно-космических сил, заняв место Сергея Суровикина, который был освобожден от должности.