Абел Аганбегян родился 8 октября 1932 года в городе Тбилиси, Грузия. После школы получал высшее образование на общеэкономическом факультете Московского государственного экономического института до 1955 года. Затем в 1958 году окончил заочную аспирантуру.

С 1956 года являлся членом КПСС. Работал в Государственном комитете Совета Министров по вопросам труда и заработной платы. Прошел трудовой путь от экономиста, затем старшего экономиста до заместителя начальника отдела. Впоследствии, с 1958 по 1960 года преподавал на кафедре политической экономии Московского государственного университета.

В 1961 году Аганбегян стал заведующим сектором в Новосибирском Институте экономики и организации промышленного производства Сибирского отделения Российской академии наук. Спустя два года получил ученую степень доктора экономических наук, через год удостоен звания члена-корреспондента РАН. С 1962 по 1965 года заведовал лабораторией экономико-математических исследований ИЭОПП. 

В 1966 года занял должность директора лаборатории по применению статистических и математических методов в экономике. В том же году стал директором ИЭОПП и оставался в этой должности до 1984 года.

Один из основателей экономического факультета Новосибирского государственного университета, где работал на доцентом, профессором, заведующим кафедрой политэкономии. До 1985 года являлся членом Президиума, председателем Объединенного ученого совета по экономическим наукам Сибирского отделения РАН. Возглавлял Научный совет по проблемам Байкало-Амурской магистрали, занимал пост заместителя председателя Научного совета по проблеме комплексного освоения природных ресурсов и развития производительных сил Сибири.

С 1985 года Абел Аганбегян вновь трудился в городе Москва. С 1985 по 1989 года возглавлял Комиссию РАН по изучению производительных сил и природных ресурсов. В этоит же период являлся академиком-секретарем Отделения экономики и членом Президиума РАН. Затем, с 1989 по 2002 года занимал пост ректора Российской академии народного хозяйства и государственной службы при Президенте РФ. В 2002 году назначен заведующим кафедрой «Экономическая теория и политика» в академии. Член академического совета Академии Регионального финансового центра города Алма-Ата.

Абел Гезевич является Председателем бюро секции пропаганды экономических знаний при правлении Всесоюзного общества «Знание». Ранее занимал пост главного редактора журнала «ЭКО», член редколлегии журналов «Наука и жизнь», «Финансы и бизнес», «Экономика и управление» и «Экономическая политика».

Председатель Совета директоров совместного британско-российского предприятия «Линк», председатель Совета банка «Зенит». Является членом коллегиальных совещательных органов: Попечительского совета Негосударственного пенсионного фонда «Лукойл-Гарант» и Научно-технического совета ОАО «Газпром». Автор и соавтор более 250 научных публикаций, 20 монографий. Книги по экономическим проблемам перестройки опубликованы в 12 странах мира.

Аганбегян входит в Болгарскую АН; член-корреспондент Британской академии; почетный член Венгерской АН. Почетный доктор университета Лодзи, Высшей школы государственных служащих в Барселоне и других. Почетный профессор Санкт-Петербургского университета управления и экономики. Также является Почетным Президентом Международной экономической ассоциации и почетным членом Международного эконометрического общества.

Воспитал дочь и сына.

Абел Аганбегян награжден орденом Ленина, медалью «За доблестный труд. В ознаменование 100-летия со дня рождения В.И. Ленина», орденом Трудового Красного Знамени, медалью «В память 850-летия Москвы», орденом Дружбы. Удостоен бронзовой и серебряной медалей ВДНХ, медалью имени В.Н. Челомея за активное содействие развитию космических программ в России, медалью имени Леонтьева.