Владимир Алеников родился 7 августа 1948 года в городе Санкт-Петербург. В 1966-1967 годах учился на французском отделении филологического факультета Ленинградского государственного университета. В 1967 году закончил Высшие курсы иностранных языков. Впоследствии работал учителем французского языка, русского языка и литературы в московской школе № 2. Руководил Театральной студией, где и осуществлял свои первые режиссерские опыты, в частности поставил спектакль «За ваш счет» по пьесе Людвига Ашкенази. В 1972 году заочно окончил режиссерский факультет Ленинградского государственного института театра, музыки и кинематографии, а в 1975 году - студию драматургов Арбузова и Алешина.
В 1973 году создал любительскую киностудию «Литфильм», где и сделал свои первые фильмы. Работал учителем словесности, французского языка и одновременно начал писать пьесы, ставить их в театре.
По приглашению Александра Хмелика, главного редактора киножурнала «Ералаш», начал работать в журнале как автор и режиссер. Там же родились Петров и Васечкин, о приключениях которых режиссер впоследствии снял свои знаменитые музыкальные фильмы. После ряда телевизионных картин Аленикову удалось сделать фильм, который в корне изменил его судьбу - мюзикл «Биндюжник и Король», благодаря которому в 1990 году его пригласили в Голливуд. Там он снял «Время тьмы» с Джорджем Сигалом и Тамарой Таной в главных ролях.
Алеников работает и в России, и в Америке, пробует себя в разных жанрах. Его драматический триллер «Пистолет» получил ряд престижных призов, в том числе представлял США в конкурсе Монреальского Всемирного кинофестиваля в 2003 году. Последние российские картины - лирическая комедия «Улыбка Бога, или Чисто одесская история», короткометражная драма «Полет бабочки», художественный фильм «Война Принцессы», короткометражная лирическая лента «Кино как попытка сближения». Последняя американская картина «Голливудский мусор»
Кроме этого Алеников постоянно работает как писатель, пишет в самых разных жанрах, и для взрослых, и для детей. Последние книги - книга для молодых режиссеров «Свой почерк в режиссуре», сборник стихов и прозы «Случайные закономерности», книги для детей «Веселые истории про Петрова и Васечкина», «Чучело-мяучело», «Богатырская история», «Петров и Васечкин в стране Эргония», "Петров и Васечкин в Африке", роман о войне «Звезда упала», романы «Сумерки в спальном районе», «Зеленая зона», «Странники терпенья».
Заслуженный деятель искусств Российской Федерации. Руководитель режиссерской Мастерской жанрового кино ВК КиТ ВГИК, а также курсов "Режиссура жанрового кино" и "Специфика работы актера в кино" в Академии кинематографического и театрального искусства Михалкова. Президент кинокомпании «Аквилон», выпустившей целый ряд фильмов, телесериалов и телепрограмм; президент Санкт-Петербургского международного кинотеатрального фестиваля «Terra incognita»; вице-президент Международного благотворительного фонда «Bright Future International». Член Международной писательской организации ПЕН-Клуб; член Международной Ассоциации журналистов. Академик Российской Академии кинематографических искусств; академик Национальной Академии кинематографических наук и искусств России; академик Российской Академии короткометражного кино «Арткино». Член Гильдии кинорежиссеров России; член Гильдии киносценаристов России.
Художественный руководитель Российской центральной студии документальных фильмов; Советник по культуре Благотворительного фонда в поддержку идей гуманизма; секретарь Союза кинематографистов России; председатель Комитета по детскому и юношескому кино Союза кинематографистов России; президент Регионального общественного фонда поддержки кинематографии «Открытое кино», профессор киношколы Лос-Анджелесского университета, член Американской Ассоциации профессоров кинофакультетов.
Автор пьес, автор текстов песен и режиссер-постановщик ряда театральных мюзиклов и спектаклей, среди которых: «За ваш счет», премьера в Москве, 1972 год; «Местные»,, премьера в Москве, 1973 год; «История Великого государства Швамбранского», Красноярский ТЮЗ, 1974 год; «Мое сердце плачет по Франции», антреприза Аленикова, премьера в Доме Актера в Москве, 1975 год; «К нам едет хулиган», мюзикл, премьера в Одесском ТЮЗе, 1984 год; «Приключения шевалье Д’Артаньяна», спектакль с людьми и куклами, премьера в Минске, в Государственном Театре Лялек, 1984 год; «Дитя мира», советско-американский мюзикл, премьера в Москве, в Центральном Детском театре, 1985 год, в Вашингтоне на Открытии Генеральной Ассамблеи ООН, 1986 год, почетные дипломы пяти американских городов, премия Министерства культуры СССР; «Белый Мерседес», Театр-кабаре Владимира Аленикова, мюзикл, премьера в Лос-Анджелесе, 1993 год; «Поиски любви», Антреприза Владимира Аленикова, премьера в Москве в Театре Эстрады, 1999 год, гастроли в Сибири, на дальнем Востоке; «Безумный корабль», премьера в Лондоне, 2006 год.