Награды России и СССР

Полный кавалер ордена «За заслуги перед Отечеством»:

Орден «За заслуги перед Отечеством» I степени (14 марта 2005) - за выдающиеся заслуги в развитии отечественной науки и активное участие в законотворческой деятельности
Орден «За заслуги перед Отечеством» II степени (2000)
Орден «За заслуги перед Отечеством» III степени (4 июня 1999) - за большой вклад в развитие отечественной науки, подготовку высококвалифицированных кадров и в связи с 275-летием Российской академии наук
Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени (15 марта 2010) - за заслуги перед государством, большой вклад в развитие отечественной науки и многолетнюю плодотворную деятельность

Орден Александра Невского (16 июля 2015) - за особые личные заслуги в развитии отечественной науки, законотворчестве, многолетнюю добросовестную работу и общественную деятельность
Орден Ленина (1986)
Орден Октябрьской Революции (1980)
Орден Трудового Красного Знамени (1975)
Орден «Знак Почета» (1959)
Государственная премия Российской Федерации 2001 года в области науки и техники (5 августа 2002) за цикл работ «Фундаментальные исследования процессов формирования и свойств гетероструктур с квантовыми точками и создание лазеров на их основе»
Ленинская премия (1972) - за фундаментальные исследования гетеропереходов в полупроводниках и создание новых приборов на их основе
Государственная премия СССР (1984) - за разработку изопериодических гетероструктур на основе четверных твердых растворов полупроводниковых соединений A3B5

Иностранные награды

Орден Франциска Скорины (Республика Беларусь, 17 мая 2001) - за большой личный вклад в развитие физической науки, организацию белорусско-российского научно-технического сотрудничества, укрепление дружбы народов Белоруссии и России
Орден князя Ярослава Мудрого V степени (Украина, 15 мая 2003) - за весомый личный вклад в развитие сотрудничества между Украиной и Российской Федерацией в социально-экономической и гуманитарной сферах
Орден Дружбы народов (Белоруссия)
Золотая медаль имени Низами Гянджеви (2015)

Прочие награды и звания

Медаль Стюарта Баллантайна (Институт Франклина, США, 1971) - за теоретические и экспериментальные исследования двойных лазерных гетероструктур, благодаря которым были созданы источники лазерного излучения малых размеров, работающие в непрерывном режиме при комнатной температуре
Хьюллет-Паккардовская премия (Европейское физическое общество, 1978) - за новые работы в области гетеропереходов
Золотая медаль Генриха Велкера от Симпозиума по GaAs (1987) - за пионерские работы по теории и технологии приборов на основе соединений III-V групп и разработку инжекционных лазеров и фотодиодов
Премия имени Карпинского (ФРГ, 1989) - за вклад в развитие физики и техники гетероструктур
XLIX Менделеевский чтец - 19 февраля 1993 года
Премия имени А. Ф. Иоффе (РАН, 1996) - за цикл работ «Фотоэлектрические преобразователи солнечного излучения на основе гетероструктур»
Почетный доктор СПбГУП с 1998 года
Демидовская премия (Научный Демидовский фонд, Россия, 1999)
Золотая медаль имени А. С. Попова (РАН, 1999)
Премия Ника Холоньяка (Оптическое общество Америки, 2000)
Нобелевская премия (Швеция, 2000) - за развитие полупроводниковых гетероструктур для высокоскоростной оптоэлектроники
Премия Киото (Инамори фонд, Япония, 2001) - за успехи в создании полупроводниковых лазеров, работающих в непрерывном режиме при комнатных температурах - пионерский шаг в оптоэлектронике
Премия В. И. Вернадского (НАН Украины, 2001)
Премия «Российский Национальный Олимп». Титул «Человек-легенда» (РФ, 2001)
Золотая медаль SPIE (SPIE, 2002)
Награда «Золотая тарелка» (Академия достижений, США, 2002)
Международная энергетическая премия «Глобальная энергия» (Россия, 2005)
Звание и медаль Почетного профессора МФТИ (2008)
Медаль «За вклад в развитие нанонауки и нанотехнологий» от ЮНЕСКО (2010)
Награда «Почетный орден РАУ». Удостоен звания «Почетный доктор Российско-Армянского (Славянского) университета» (ГОУ ВПО Российско-Армянский (Славянский) университет, Армения, 2011).
Международная премия Карла Боэра (2013)
Присвоено звание «Почетный профессор МИЭТ» (НИУ МИЭТ 2015)

Астероид (3884) Alferov, открытый 13 марта 1977 года Н. С. Черных в Крымской астрофизической обсерватории, название присвоено 22 февраля 1997 года.

Имя Жореса Алферова носят гимназия № 42 города Минска и средняя общеобразовательная школа № 2 города Туринска.

Имеет дочь от первого  брака.

Вторая жена - Тамара Георгиевна Дарская (брак с 1967)
Сын - Иван.

Дочь Тамары от ее первого брака - Ирина.

Два внука и внучка.