Директор Российского академического молодежного театра. Ранее занимала должность директора Департамента государственной поддержки искусства и народного творчества. Являлась членом Экспертного совета по премиям Союзного государства Россия-Беларусь в области литературы и искусства от Министерства культуры Российской Федерации.

Софья Апфельбаум родилась 2 апреля 1979 года в городе Москва. В 2000 году окончила продюсерский факультет Российской академии театрального искусства. Дополнительное образование получила по специальной программе Школы-студии имени Немировича-Данченко при МХАТ имени Чехова. Стажировалась в Американском репертуарном театре в Кэмпбридже.

Трудовую деятельность Апфельбаум начала в Московском Художественном театре имени Антона Павловича Чехова. Позже работала заместителем заведующего художественно-производственными мастерскими Государственного академического Большого театра России.

В 2005 году Софья Михайловна защитила диссертацию на соискание ученой степени «кандидат искусствоведческих наук» по теме «Связи с общественностью в театральном деле». В том же году в свет вышла ее книга «Связи с общественностью в сфере исполнительских искусств».

С 2006 года Апфельбаум являлась сотрудником Министерства культуры Российской Федерации. В 2008 году возглавила отдел театрального искусства. Позднее служила заместителем и директором Департамента государственной поддержки искусства и народного творчества. Некоторое время входила в состав Экспертного совета по премиям Союзного государства Россия-Беларусь в области литературы и искусства от Министерства культуры Российской Федерации.

В начале 2015 года Софья Михайловна Апфельбаум назначена на должность директора Российского академического молодежного театра.

С 2017 года, директор РАМТ Апфельбаум проходила по уголовному делу вместе с Кириллом Серебренниковым и Юрием Итиным. Вплоть до 2019 года находилась под домашним арестом.

Мещанский суд Москвы 8 апреля 2019 года отпустил из-под домашнего ареста под подписку о невыезде Софью Апфельбаум. Директор Российского академического молодежного театра уже на следующий день вернулась к работе в театре.

В московском отеле «Балчуг-Кемпински» 17 октября 2019 года объявили лауреатов XXIV международной театральной премии Станиславского. Софья Михайловна Апфельбаум получила премию в номинации «Театральное дело».

На основании приговора, вынесенного 26 июня 2020 года Мещанским судом города Москва по делу «Седьмой студии», Апфельбаум Софье Михайловне назначено наказание в виде штрафа в размере 100 тысяч рублей, но тем же решением Директор РАМТ освобождена от уплаты из-за истечения срока давности.