Елена Бахтенко родилась 4 июля 1959 года в городе Вологда. В 1981 году, с отличием окончила географический факультет Вологодского государственного педагогического института по специальности «биология-химия», с присвоением квалификации «учитель биологии и химии». Трудовую деятельность начала непосредственно по окончании ВУЗа, с должности учителя биологии и химии в средней школе № 20 родного города.
С сентября 1984 года, приступила к работе в сфере высшего профессионального образования.
Далее, в 1991 году, получила дополнительное образование, успешно окончив очную целевую аспирантуру Московского областного педагогического института по специальности «физиология растений», а в 1992 году, защитила кандидатскую диссертацию на соискание ученой степени кандидата биологических наук. Позднее, защитила докторскую диссертацию.
Затем, последовательно занимала должности ассистента, старшего преподавателя и доцента кафедры ботаники Вологодского государственного педагогического института.
В период с 1997 по 2016 год, замещала пост заведующего кафедрой ботаники ВГПУ. Являлась проректором по образовательной деятельности вышеуказанного университета.
С сентября 2016 года, работает в должности профессора кафедры биологии и экологии Вологодского государственного университета.
Так же, занимала должность директора Бюджетного общеобразовательного учреждения Вологодской области «Вологодский многопрофильный лицей».
Параллельно с трудовой, общественной и научной деятельностью, принимает активное участие в политической жизни родного региона. На выборах 18 сентября 2016 года, Бахтенко Елена Юрьевна избрана депутатом Законодательного Собрания Вологодской Области IX созыва по Западному одномандатному избирательному округу № 4.
Является заместителем председателя постоянного комитета по образованию, культуре и здравоохранению. Член фракции политической партии «Единая Россия».
Входит в состав различных общественных организаций.