Михаил Балакин родился 20 апреля 1961 года в городе Серпухов, Московской области. Вырос в семье строителей. В 1983 году окончил Московский инженерно-строительный институт им. В. В. Куйбышева по специальности «инженер-строитель».
После окончания института распределился в управление № 204 треста «Мосфундаментстрой-1» Главмосстроя. В 1990 году был назначен директором Строительного управления № 155 Главмосстроя. В 1993 году, в процессе акционирования Строительного управления № 155 стал его совладельцем и генеральным директором.
В 2000 году переходит на работу в Комплекс архитектуры, строительства, развития и реконструкции Москвы, где отвечал за строительство муниципальных объектов и реконструкцию ветхого жилого фонда в должности начальника оперативно-распорядительного управления реализации городских программ мэрии Москвы.
Во время его работы в Комплексе архитектуры, строительства, развития и реконструкции Москвы были возведены здание Дома музыки на Красных Холмах, новая сцена Большого театра, площадь Европы возле Киевского вокзала, искусственный горнолыжный склон в Ново-Переделкине, здание библиотеки МГУ. Компания «СУ-155» в этот период процветала: по городскому заказу ею были построены 20% домов; в 2004 году она построила 1,2 млн кв. м жилья - четверть от общего показателя по Москве; из 14 участков, которые компания получила в 2001 году, 12 были выделены без конкурса.
В 2005 году, оставив по собственному желанию пост чиновника, вернулся к руководству «СУ-155» где занимает пост Председателя совета директоров.
В 2014 году при поддержке Михаила Балакина и ГК «СУ-155», которая одновременно является и инвестором-застройщиком и генподрядчиком объекта, продолжилось строительство нового храма на улице Железнодорожной в Щербинке, остановившееся ранее после возведения фундамента и окончания собранных на строительство средств. Также в 2014 году по инициативе Михаила Балакина и Серпуховского благочиния Русской Православной Церкви началась реставрация храма святителя Николая в Бутках на улице Чернышевского. В советское время был закрыт и постепенно сооружение оказалось в руинах
В 2014 году начал второй поход во власть, став депутатом Московской городской Думы VI созыва от ЛДПР.
С 2014 года член Общественного совета при министерстве строительства и ЖКХ России.