Станислав Белковский родился 7 февраля 1971 года в городе Москва. Окончил факультет экономической кибернетики Московского института управления. С 1990 по 1992 года работал системным программистом в отделе системных разработок Государственного комитета по обеспечению нефтепродуктами России.
С 1992 года начал заниматься политическим консультированием, сотрудничая в качестве политического технолога и спичрайтера с такими фигурами как Константин Боровой, Ирина Хакамада, Лев Вайнберг и Борис Березовский. Работал в фонде «Интерприватизация».
Агентство политических новостей основал в 1999 году, где до 2004 года был главным редактором. С 2002 по 2004 года являлся учредителем и генеральным директором некоммерческой организации Совет по национальной стратегии. В апреле 2004 года создал и возглавил организацию Институт национальной стратегии России. В июле того же года основал Институт национальной стратегии Украины.
В мае 2003 года выступил автором докладов «Одиночество Путина», «Одиночество Путина - 2». На основе первого доклада Белковский и Дискин подготовили и выпустили 9 июня новый доклад под названием «Государство и олигархия». Это совпало с началом уголовного преследования компании «ЮКОС» и арестом Платона Лебедева. В свою очередь большинство экспертов СНС заявили, что не имеют отношения к основным положениям и выводам доклада.
Журнал «Коммерсантъ-Власть» назвал Белковского в июле 2003 года главным идеологом этого доклада, после которого началось «Дело ЮКОСа». После ареста Михаила Ходорковского, который назывался авторами доклада в числе заговорщиков, Дискин выступил с особым заявлением, где отметил, что авторы доклада «не просили никого арестовывать». Позднее, в офисе Slon.Ru представил доклад «Государство и олигархия: 10 лет спустя»; доклад «Новая вертикаль власти».
В 2007 году выступил в поддержку движения «Народ» Сергея Гуляева, членами которого стал ряд сотрудников Белковского в ИНС и АПН. В октябре 2009 года объявил о своем выходе из состава учредителей ИНС России и АПН. В настоящее время директором ИНС России является Михаил Ремизов.
На телеканале «Дождь» в 2014 году занял должность исполняющего обязанности руководителя службы подбора цитат, анекдотов и тостов. В декабре на конкурсной основе стал экспертом-соведущим программы «Прямая линия». С октябре 2015 года занимает пост эксперта-соведущего еженедельной программы «Паноптикум».
На сайте телеканала «Дождь» разместил шуточную автобиографию, где среди прочего утверждал, что родился в селе Дружба, Теребовлянский район, Тернопольская область и получил образование системного программиста на курсах повышения квалификации при Свято-Успенской Почаевской лавре.