Эмиль Бернар родился в Лилле 28 апреля 1868 года. Жил у своей бабушки, которая владела прачечной.
Семья переехала в Париж в 1878 году, где Эмиль учился в коллеже Сент-Барб. В 1886 году поступает учиться живописи в парижское художественное ателье Фернана Кормона, где знакомится с Тулуз-Лотреком и ван Гогом. В том же году изгоняется из ателье «за упрямство».
В 1886-1888 годах живёт в Понт-Авене, где присоединяется к художественной группе Понт-Авен и становится другом Гогена. Здесь же, в 1887 году, совместно с Луи Анкетеном, разрабатывает клуазонистский стиль живописи, заключающийся в использовании разделяющих различные цвета контуров рисунка.
В 1890 году Эмиль Бернар переживает религиозный кризис, после чего мастер обращается к предметам и сюжетам средневекового искусства. В 1891 году разрывает дружбу с Гогеном и присоединяется к символистской группе Одилона Редона и Фердинанда Ходлера, в этом же году становится членом группы Наби.
В 1893-1903 годах путешествует по Египту, Италии и Испании. В эти годы создаёт по большей части религиозные и символистские полотна. Вернулся в Париж в 1904 году и оставался там до конца своей жизни. Он преподавал в Школе изящных искусств.
Бернар, являясь одним из значительнейших мастеров группы Понт-Авен, в начале своего творчества склонялся к примитивизму, в конце жизни копирует полотна венецианских мастеров - столь широким оказался разброс его художественных увлечений. В то же время творчество Бернара оказало решающее влияние на работы Пабло Пикассо в его «голубой период». Длительные дружеские отношения Бернара с Ван Гогом, Гогеном и Сезанном оставили после себя весьма ценную для исследователей творчества художников переписку, проливающую свет на образ мышления и чувствования великих мастеров живописи. В частности, в письмах Сезанна Бернару раскрываются особенности творческого метода выдающегося художника, позволяющего понять истоки кубизма. Их фрагменты опубликованы в русском переводе П.П. Кончаловского .
Эмиль Бернар публикует стихи под псевдонимом «Жан Дорсал». В предисловии к сборнику «Волшебный свет» (La Lumière mythique) размещено письмо французского поэта Гийома Аполлинера, который искренне восхищается поэтическим талантом автора - «В поисках метафоры, касающейся вашего поэтического искусства, я обнаружил, что каждый из ваших стихов - это луч солнца. Со времен Ренессанса мы не видели более совершенного человека. Я поклонник ученого, художника и поэта Эмиля Бернара и Жана Дорсала».
Умер 16 апреля 1941 года в Париже.
В Бретани не менее пяти улиц названы в честь художника Эмиля Бернара.
Избранные полотна: «Мадлен в Лесу Любви» (Париж, частное собрание, 1888), «Погребение ван Гога» (Париж, собрание Бернар-Фор, 1893) и «Испанские музыканты» (Париж, собрание Б. А. Реччи, 1897).