Иван Бойко родился 11 октября 1910 года в селе Жорнище Винницкой области Украины. Появился на свет в семье крестьянина. По национальности украинец. Член ВКП(б)/КПСС с 1940 года.

В Красной армии с 1930 года. В 1936 году Бойко оканчивает Ульяновскую бронетанковую школу, затем, в 1939 году, бронетанковые курсы. Участвовал в боях на реке Халхин-Гол в 1939 году.

В период Великой Отечественной войны с октября 1941 года воевал в составе 1-й танковой армии (1-й гвардейской танковой армии), под командованием генерала Катукова.

69-й гвардейский танковый полк 1-й танковой армии под командованием гвардии майора Бойко И. Н. 28 декабря 1943 года в ходе Житомирско-Бердичевской операции войск 1-го Украинского фронта выбил фашистов из города Казатин Винницкой области.

За умелое командование полком, личное мужество в боях за город Казатин, Указом Президиума Верховного Совета СССР от 10 января 1944 года Бойко Ивану Никифоровичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 2072).

С начала февраля 1944 года и до окончания войны Бойко командует 64-й гвардейской танковой бригадой, воины-танкисты которой в составе войск 1-го Украинского фронта особо отличились в Проскуровско-Черновицкой операции, в ходе которой освободили от гитлеровцев города Новоселица и Черновицы.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 26 апреля 1944 года за успешное командование 64-й гвардейской танковой бригадой и героизм, проявленный при форсировании рек Днестр и Прут и освобождении города Черновицы (Черновцы), гвардии подполковник Бойко Иван Никифорович награждён второй медалью «Золотая Звезда» (№ 2413).

Войска фронта приступили к форсированию реки.29 марта были освобождены Черновцы, где большую роль сыграла инициатива и смелость танкистов 64-й гвардейской бригады подполковника И. Н. Бойко, вторично удостоенного звания Героя Советского Союза.

Дважды Герой Советского Союза Маршал Советского Союза Василевский А.М. Дело всей жизни. Издание второе, дополненное. - М: Издательство Политической литературы, 1975. С.402.

После войны полковник Бойко И. Н. командовал танковым полком, был заместителем командира корпуса. В 1948 году он оканчивает Академические курсы при Военной академии бронетанковых и механизированных войск. С 1956 года в запасе.

Иван Никифорович Бойко скончался 12 мая 1975 года. Похоронен в городе Киеве, на Лукьяновском военном кладбище.