Дмитрий Бондаренко родился 9 июня 1968 года в городе Москва. Окончил с отличием кафедру этнографии исторического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова. Кандидат исторических наук, доктор исторических наук, профессор, профессор РАН, член-корреспондент РАН.
В качестве приглашенного ученого работал в Северо-западном университете, Институте истории Общества имени Макса Планка, Доме наук о человеке.
В 1990-2010 годах выступал с гостевыми лекциями и курсами лекций в университетах и научных центрах Анголы, Египта, России, США, Словении, Танзании. Член Американской антропологической ассоциации, Ассоциации антропологов и этнологов России, Ассоциации африканских исследований, Ассоциации африканских исследований Австралазии и Океании, Европейской ассоциации социальных антропологов, Международного союза антропологических и этнологических наук, Общества африканистов.
Возглавлял полевые исследования российских ученых в странах Африки: Танзании, Нигерии, Бенине, Руанде, Замбии, а также среди африканцев в России, африканцев и африкано-американцев в США.
С 2015 года член экспертного совета ВАК РФ по истории.