Геннадий Бордюгов родился 6 июня 1954 года в городе Воркута. В 1976 году окончил факультет истории Высшей комсомольской школы, затем работал там же преподавателем. В 1982 году окончил аспирантуру Института истории СССР АН СССР.
В 1982-1988 годах работал в Институте истории СССР АН СССР, в 1988-1991 годах - в Институте марксизма-ленинизма при ЦК КПСС.
В 1988-2009 годах - доцент Института повышения квалификации и переподготовки кадров МГУ имени М.В.Ломоносова, одновременно с 2000 года - доцент Института европейских культур РГГУ. С 2011 года - профессор Московского лингвистического университета.
Один из основателей, член правления, а также руководитель Международного совета Ассоциации исследователей российского общества; редактор и составитель нескольких десятков изданий, выпущенных в АИРО.
Консультант Радио «Россия», комитета «Третье тысячелетие», московского бюро Фонда Фридриха Науманна, ACLS.
Член экспертных советов: РИА Новости, Комитета по международным делам Совета Федерации РФ; эксперт Архивного проекта «Пушкинской программы» Института «Открытое общество», Фонда Сороса, Фонда Форда, Фонда Фридриха Науманна, Фонда имени Н.И.Бухарина, Московского Центра Карнеги. Член правления Фонда имени Николая Бухарина и Анны Лариной-Бухариной; заместитель главного редактора интернет-журнала «Международный исторический форум», член редакционного совета журнала «Свободная мысль - XXI».
В 1987 году защитил кандидатскую диссертацию «Социалистическая культура быта в годы довоенных пятилеток: проблема и тенденции развития».
В конце 1980 годов вместе с В.А.Козловым и В.Т.Логиновым участвовал в публичной дискуссии, развернувшейся на страницах ряда изданий после публикации статьи В.Солоухина «Читая Ленина», где отстаивал действия Ленина как исторически обусловленные.
Как историк стал известен после публикации статьи «Украденная победа», в которой, в частности, была высказана точка зрения о том, что сформировавшаяся в 1930 годы в СССР система украла у народа Победу.
В 1990-2000 годах - член Специализированного Совета по истории социальных движений и политических партий МГУ имени М.В.Ломоносова; одновременно член редакции альманаха «Неизвестная Россия. ХХ век», руководитель семинара Московского Центра Карнеги.
В качестве приглашеного научного сотрудника занимался исследованиями в Доме наук о человеке, в Центре азиатских и тихоокеанских исследований Сейкей университета, в Славистском центре Университета Оденсе, в Институте русской и советской культуры Рурского университета. Автор более 150 работ.