Глава администрации города Феодосия. Экономист. Член Всероссийской политической партии «Единая Россия». Ранее занимал должность главы Насыпновской сельской администрации.
Сергей Бовтуненко родился 15 апреля 1965 года селе Ленинградском, Казахстан. После школы, до 1987 года проходил службу в рядах вооруженных сил. Демобилизовавшись уехал в украинский город Николаев, где успешно окончил Национальный университет кораблестроения имени адмирала Степана Макарова по специальности «экономика предприятия».
Трудовую деятельность Бовтуненко начал электромонтером по ремонту электрооборудования третьего разряда Керченского завода имени Войкова. Являлся старшим техником, техником-технолог I категории Феодосийского отделения 26-го Московского научно-производственного объединения «Нефтегазавтоматика». С 1992 года на протяжении одиннадцати лет работал слесарем контрольно-измерительным приборам и автоматике пятого разряда, а затем стал машинистом аммиачных холодильных установок пятого разряда совхоза-завода «Феодосийский».
В 2004 году Сергей Николаевич Бовтуненко перешел на должность машиниста компрессорной установки виноградохранилища отделения № 2 закрытого акционерного общества «Феодосийский завод коньяков и вин». Впоследствии, работал учителем технического труда Феодосийской общеобразовательной школы 1-2 ступеней № 16.
Сергей Николаевич в 2005 году избрался депутатом Насыпновского сельского совета. Занимал пост секретаря, а с 2006 года назначен главой совета. Позднее, находился в должности председателя ликвидационной комиссии Насыпновского сельского совета. В 2014 году избран главой Насыпновской сельской администрации. Член Политической Партии «Единая Россия».
В начале 2019 года в Феодосии сменилось городское руководство. После высказанных претензий главы Крыма Сергея Аксенова, бывший сити-менеджер Сергей Фомич и председатель местного городского совета Владимир Титаренко написали заявления об отставке. Феодосийские депутаты городского совета 18 января 2019 года проголосовали за их отставку, назначив Бовтуненко исполняющим обязанности главы администрации города Феодосия. Параллельно, Сергей Николаевич занимал пост Первого заместителя главы администрации.
В октябре Бовтуненко подал в отставку, чтобы участвовать в конкурсе на пост Главы администрации города Феодосия, а исполняющим обязанности главы администрации стал Александр Хренов. Конкурсная комиссия рассмотрела документы и программы восьми претендентов на должность мэра Феодосии и представила в городской совет две кандидатуры: Бовтуненко Сергея Николаевича и Байбуза Сергея Николаевича.
Единогласно поддержав кандидата Сергея Бовтуненко, депутаты 30 октября 2019 года официально утвердили его на пост главы администрации города Феодосия.
Женат, имеет двоих детей.